非法占用林地主要由林业主管部门管理，同时自然资源部门也承担相应职责。以下是详细分析：

1. 林业主管部门的职责：

   • 根据《中华人民共和国森林法》及相关法律法规，县级以上人民政府林业主管部门负责本行政区域内的林业管理与监督工作，对非法占用林地、改变林地用途等行为有权进行查处。
   • 林业主管部门可以责令停止违法行为，限期恢复原状，并可处以罚款；构成犯罪的，将依法追究刑事责任。
   • 例如，某人在未经批准的情况下非法占用林地进行建设，林业主管部门有权依法进行查处，并要求其恢复原状。

2. 自然资源部门的角色：

   • 自然资源部门负责土地资源的统一管理和监督，当非法占用林地的行为涉及土地利用总体规划、土地审批等事项违法时，自然资源部门可以依据《中华人民共和国土地管理法》等法律法规进行介入处理。
   • 自然资源部门可以对违法违规行为作出处罚决定，如责令退还非法占用的土地，拆除在非法占用的土地上新建的建筑物等。
   • 例如，某企业未经批准非法占用林地进行工业建设，且该行为违反了土地利用总体规划，自然资源部门有权依法进行处罚。

3. 协同工作：

   • 在实际处理非法占用林地案件时，林业主管部门和自然资源部门需要紧密合作与协调，共同打击非法占用林地的行为。
   • 林业主管部门在发现非法占用林地行为后，应及时进行调查处理，并依法作出处罚决定；自然资源部门在涉及土地管理方面的问题时，应提供支持和配合。

综上所述，非法占用林地主要由林业主管部门管理，但自然资源部门也承担相应职责。公众在发现非法占用林地行为时，应向当地的林业局或自然资源部门举报，以便及时查处并保护林地资源。如有进一步需要，您可以继续咨询我。