当员工因不能胜任工作而被辞退时，其赔偿问题确实是一个需要细致考虑和依据相关法律法规来处理的事项。以下是我为您详细梳理的关于这一问题的解答：
一、合法解除劳动合同与经济补偿
试用期内的解除：
- 如果员工在试用期内被证明不符合录用条件，特别是不能胜任工作且经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任的，用人单位可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第一项的规定，无需支付经济补偿金即可辞退劳动者。
试用期外的解除：
- 对于过了试用期的员工，若不能胜任工作，且经过培训或者调整工作岗位后仍不能胜任的，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或者选择额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同。
- 在此情况下，用人单位应当依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条的规定，向劳动者支付经济补偿。经济补偿的计算方式是：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。这里的月工资指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
二、违法解除劳动合同与赔偿金
- 如果用人单位无法证明劳动者不能胜任工作，或者未对不能胜任工作的劳动者进行培训或调整工作岗位就直接辞退的，这构成违法解除劳动合同。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条的规定，用人单位应依照该法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
三、特殊情况下的责任
- 如果劳动者不能胜任工作是由于用人单位未提供适当的培训或劳动条件造成的，那么用人单位在解除劳动合同时可能需要承担更大的责任，包括但不限于支付额外的经济补偿或赔偿金。
四、实际操作建议
协商沟通：
- 在被辞退前，用人单位应与员工进行充分沟通，明确不能胜任岗位的具体原因，并尝试提供培训或调岗机会。
- 员工也应积极配合用人单位的安排，努力提升自身能力以适应岗位要求。
签订协议：
- 双方就赔偿事宜达成一致后，应签订书面的解除劳动合同协议书，明确赔偿金额、支付方式及时间等条款。
- 协议书应具有法律效力，双方应妥善保管以备后续可能出现的争议。
办理离职手续：
- 员工应按照用人单位的要求办理离职手续，包括交接工作、归还公司财物等。
- 用人单位应在员工办理完离职手续后，及时支付赔偿金额。
保留证据：
- 员工应保留好与用人单位签订的劳动合同、工资条、考勤记录等证据材料。
- 如发生争议，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。
综上所述，员工因不能胜任工作被辞退时的赔偿问题需根据具体情况判断，包括试用期内外、用人单位是否履行了法定程序、以及是否存在违法行为等。希望这些信息能对您有所帮助，如果您还有其他疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询专业法律人士。