当员工因不能胜任工作被辞退时，赔偿金的计算主要依据《劳动合同法》的相关规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、赔偿金计算方式

1. 经济补偿标准：

   • 根据员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿。
   • 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
   • 月工资是指员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。

2. 赔偿金额示例：

   • 假设员工月工资为5000元，工作3年，那么用人单位应支付的经济补偿为3年 × 5000元/月 = 15000元，外加额外一个月工资5000元作为提前通知的替代，总计20000元。

二、赔偿的合法性及程序要求

1. 合法解除的前提：

   • 员工不能胜任工作，且经过培训或调岗后仍不能胜任。
   • 用人单位需提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后，方可解除劳动合同。

2. 证据要求：

   • 用人单位需有充分证据证明员工不能胜任工作，且已履行培训或调岗等程序。
   • 若无法有效举证，辞退可能被认定为违法，员工可要求双倍赔偿。

三、维权途径

1. 与公司协商：

   • 指出赔偿不合理之处，依据《劳动合同法》的相关规定进行协商。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由其责令公司改正。

3. 申请劳动仲裁：

   • 准备劳动合同、工资条、工作证等证明劳动关系及公司辞退事实的证据。
   • 在规定仲裁时效内提出仲裁申请，要求公司按法律规定支付合理赔偿。

4. 提起诉讼：

   • 对仲裁结果不服的，可向人民法院提起诉讼。

四、注意事项

1. 严格按程序处理：

   • 用人单位应严格按法定程序处理不能胜任工作的员工，避免违法解除带来的法律风险。

2. 保留证据维权：

   • 员工在遇到单位违法解除情况时，应保留好相关证据，通过合法途径维护自身权益。

综上所述，员工因不能胜任工作被辞退时，赔偿金的计算主要依据员工在本单位的工作年限和月工资水平。同时，用人单位需确保辞退程序的合法性，并提供充分证据支持其决定。员工在面临不合理赔偿时，可通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维护自身权益。