结论前置：连续旷工三天自动离职的情况下，劳动者对于已经实际工作的天数通常有权获得相应的工资，但具体支付情况需根据法律法规、公司规章制度以及是否给公司造成损失来综合判断。

一、法律法规依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论劳动者因何种原因离职，包括旷工三天后自动离职，用人单位都应当支付其应得的工资。

2. 《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这进一步强调了劳动者在离职时有权获得其应得的工资。

二、公司规章制度的影响

1. 规章制度规定：公司可以在其规章制度中明确规定旷工的处罚措施，如旷工一天扣除一定比例的工资等。但这些规定需在合法范围内，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。如果公司规章制度将连续旷工三天界定为严重违反劳动纪律，并规定在这种情况下不予支付旷工期间及之后的工资，那么公司可以依据该规定不支付这三天旷工期间的工资。然而，对于旷工前正常工作的工资，公司仍应支付。

2. 规章制度的合法性：需要注意的是，公司的规章制度必须经过合法的制定和公示流程，才能对劳动者产生约束力。如果规章制度未经合法程序制定或未向劳动者公示，那么该规章制度中的相关条款可能无效。

三、特殊情况下的工资处理

1. 经济损失赔偿：如果劳动者的旷工行为给用人单位造成了直接的经济损失，用人单位可以要求劳动者进行赔偿。赔偿金额可以从劳动者工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

2. 工资与赔偿的独立性：赔偿与工资支付是两个独立的问题。用人单位不能因劳动者造成损失而完全拒绝支付其应得的工资。即使劳动者需要赔偿损失，用人单位也应当先支付其应得的工资，再从后续工资中扣除赔偿金额（在符合法律规定的前提下）。

四、实际操作建议

1. 劳动者方面：

   • 在离职前，尽量按照公司规定和劳动合同约定办理离职手续，以减少不必要的纠纷。
   • 了解自己的合法权益，包括应得工资的计算方式和支付时间等。
   • 如果遇到用人单位拒绝支付工资的情况，可以通过劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身合法权益。

2. 用人单位方面：

   • 在处理旷工离职员工的工资问题时，应遵守相关法律法规和公司规章制度，确保处理的合法性和合理性。
   • 建立健全的考勤制度和工资支付制度，以避免因管理不善而引发的劳动纠纷。
   • 在制定和执行规章制度时，确保符合法律法规的要求，并经过合法的制定和公示流程。

示例说明：假设某劳动者的月工资为5000元，实际出勤天数为20天（其中旷工3天），那么其应得工资的计算方式如下：

• 应发工资 = 月工资标准 ÷ 应出勤天数 × 实际出勤天数 = 5000元 ÷ 21.75天 × 20天 ≈ 4597.70元（这里假设应出勤天数为21.75天，实际应根据公司规定或劳动合同约定确定）。
• 如果公司规章制度规定旷工一天扣除三天工资，且该规定合法有效，那么公司可以扣除9天的工资（即旷工3天×3天/天），但扣除后的工资不得低于当地月最低工资标准。假设当地月最低工资标准为2000元，那么公司实际应支付的工资不得低于2000元（即使按照扣除规定计算后的工资低于此数额）。

综上所述，连续旷工三天自动离职的情况下，劳动者对于已经实际工作的天数通常有权获得相应的工资。但具体支付情况需根据法律法规、公司规章制度以及是否给公司造成损失来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。