药食两用中药的发酵是否合法，主要取决于所使用的中药材质是否被列入药食同源目录，并且需要遵循相关的法律法规和标准。

首先，药食同源是我国传统中医药文化的重要组成部分，指的是那些既可以作为食品又可以作为中药材的物质。这些物质在中医药理论指导下，可以辨证使用，既具有中药属性又具有食品属性。为了规范和管理这些药食两用物质，国家相关部门制定了一系列法律法规和标准，包括《中华人民共和国食品安全法》以及相关的药食同源物质目录等。

根据这些规定，生产经营的食品中不得添加药品，但是可以添加按照传统既是食品又是中药材的物质，这些物质被称为“食药物质”。食药物质目录由国务院卫生行政部门会同国务院食品安全监督管理部门制定、公布，并且会动态修订。目前，已经有多批物质被纳入食药物质目录，包括枸杞子、山楂、大枣、百合等常见中药材。

对于发酵这一工艺而言，它本身并不改变中药材或食品的基本属性和分类。因此，如果所使用的中药材或食品原料已经被列入药食同源目录，并且符合相关的法律法规和标准要求，那么进行发酵处理是合法的。然而，如果所使用的原料并未被列入目录或者不符合相关要求，那么进行发酵处理就可能涉及违法违规问题。

综上所述，药食两用中药的发酵是否合法取决于多个因素，包括所使用的原料是否被列入药食同源目录、是否符合相关的法律法规和标准要求等。因此，在进行相关活动之前，建议咨询专业的法律或监管机构以获取准确的指导和建议。