员工旷工扣工资需遵循合法、合理原则，具体扣减方式需结合公司规章制度、劳动合同及法律规定综合判断。以下分情况说明：

1. 公司有合法有效的规章制度
   若公司通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定了包含“旷工扣薪”条款的规章制度，且已向员工公示或告知，则可依据制度扣减工资。

   • 扣减标准：通常按旷工天数乘以日工资的一定比例（如日工资的100%-300%）扣减，但需确保扣除后员工实发工资不低于当地最低工资标准。
     
   • 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工原因给公司造成经济损失的，公司可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后不得低于最低工资标准。旷工虽不直接等同于“造成损失”，但部分地区法院支持公司通过规章制度将旷工与扣薪挂钩。

2. 公司无明确规章制度或制度违法
   若公司未制定相关制度，或制度未经过民主程序、未公示、扣薪比例过高（如扣除全部工资），则扣薪行为可能违法。

   • 风险点：员工可能以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。
     
   • 建议：公司应尽快完善制度，明确旷工的认定标准（如连续旷工X天视为严重违纪）及扣薪规则，并通过培训、签字等方式确保员工知晓。

3. 特殊情形：试用期旷工
   试用期员工旷工，公司可依据《劳动合同法》第三十九条以“不符合录用条件”为由解除劳动合同，但扣薪仍需遵循上述规则，不得违法克扣。

操作建议：

• 扣薪前：核实公司制度是否合法有效，保留员工旷工的证据（如考勤记录、书面通知等）。
  
• 扣薪时：书面告知员工扣薪原因及金额，避免口头通知引发争议。
  
• 争议解决：若员工提出异议，可协商或通过劳动仲裁解决，公司需承担举证责任。

如有具体案例或制度条款需要分析，可直接向我咨询。