您好，关于您提出的“自开票软件开出发票是否合法”的问题，这主要取决于多个方面的合规性。以下是我为您详细梳理的解答：
首先，企业使用自主研发的软件开具发票，在符合税法规定的前提下，是合法的。但关键在于，企业必须确保整个开票过程严格遵守相关法律法规，包括但不限于税务登记、资格认定、发票内容的准确描述、金额与税率的正确计算，以及发票的合规性审查等。
一、开票前的必要准备
税务登记与资格认定：
- 企业必须已完成税务登记，并取得合法的开票资格。若需开具增值税专用发票，还需进行一般纳税人资格认定。
软件著作权与相关资质：
- 确保软件拥有合法的著作权，这是法律保障和享受税收优惠的基础。
- 在申请税收优惠政策时，需提供软件著作权登记证书等相关材料。
了解客户需求与发票类型选择：
- 与客户明确沟通发票类型（增值税专用发票或普通发票）、内容（如软件名称、规格型号）及开票信息（客户名称、纳税人识别号等）。
- 根据企业的纳税人身份和客户实际需求，选择合适的发票类型。
二、开票过程中的关键要点
准确描述商品或服务：
- 发票上应清晰、准确地描述软件产品或服务内容，如“软件销售”、“软件开发服务费”等，避免模糊或笼统的描述。
发票信息填写准确无误：
- 包括软件全称、规格型号（注明版本号、功能模块等信息）、金额（按实际价格开具，确保价税合计与实际交易相符）、税率（根据销售情况和税收政策确定适用税率）等。
合规性审查：
- 确认交易的真实性和合法性，避免虚开发票或违规操作。
- 确保发票内容与实际业务完全相符。
使用税务机关认可的开票软件：
- 严格按照操作流程进行操作，确保发票号码、代码与纸质发票一致，打印清晰、完整。
三、开票后的管理要求
及时交付与签收：
- 将发票及时交付给客户，并要求客户签收确认，保留交付凭证。
妥善留存与归档：
- 妥善留存发票记账联，按财务制度要求进行归档管理。
- 建立发票开具台账，记录相关信息以便查询和统计。
异常情况处理：
- 如发生发票开具错误、销货退回等情况，需按规定程序处理，如开具红字发票冲减原金额，并重新开具正确的发票。
建立完善的发票管理制度：
- 确保发票的开具、保管、作废等环节均符合规定。
- 定期盘点和核对发票，确保其完整性和准确性。
总结：只要企业自主研发的软件在开具发票时，能够严格遵守上述税法规定和操作流程，确保发票的合规性、准确性和完整性，那么使用自开票软件开出发票就是合法的。同时，企业也应加强与客户的沟通和协作，提高发票管理的效率和水平，以更好地满足客户需求和遵守法律法规。