公司实行综合工时制是否违反劳动法，需分情况讨论：

1. 若公司依法申请并获批综合工时制，则不违法
   根据《劳动法》第三十九条及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》，企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可实行综合计算工时工作制。具体流程为：

   • 申请条件：企业需证明因工作性质特殊（如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等），或需连续作业、受季节和自然条件限制等，无法按标准工时制安排工作。
     
   • 审批程序：企业需向当地劳动行政部门提交书面申请，明确适用岗位、综合计算周期（如周、月、季、年）及平均日/周工作时间，经批准后方可实施。
     
   • 合法性核心：只要企业严格按审批内容执行，且综合计算周期内的总工时不超过法定标准（如月总工时≤166.64小时），即合法。

2. 若公司未申请或未获批综合工时制，擅自实行则违法

   • 直接违法情形：企业未向劳动行政部门申请，或申请未获批，却以“综合工时制”为由安排员工超时工作（如月总工时超过166.64小时），属于违法行为。
     
   • 法律后果：根据《劳动保障监察条例》第二十五条，企业可能被责令限期改正，并按照受侵害员工人数，按每人100元以上500元以下的标准处以罚款；若因此导致员工未休年假、未支付加班费等，还需承担赔偿责任。

3. 即使获批综合工时制，仍需遵守加班限制

   • 周期内总工时限制：以月为周期时，总工时不得超过166.64小时；以季为周期时，总工时不得超过500小时；以年为周期时，总工时不得超过2000小时。
     
   • 加班费支付规则：
     
     • 在综合计算周期内，若某一具体日（或周）实际工作时间超过法定标准工时（如日超过8小时、周超过40小时），超出部分视为延长工作时间，需支付150%加班费；
       
     • 若休息日工作且未安排补休，需支付200%加班费；
       
     • 若法定节假日工作，需支付300%加班费。
       
   • 举例说明：某企业获批以月为周期的综合工时制，某月员工实际工作180小时，则超出166.64小时的部分（13.36小时）需按150%支付加班费；若该月包含法定节假日（如1天），则该日工作需按300%支付加班费。

建议：

• 若您所在公司已实行综合工时制，可要求公司出示劳动行政部门的批准文件，并核对综合计算周期及总工时是否合法；
  
• 若发现公司未获批或超时工作，可向当地劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁主张加班费及赔偿；
  
• 如有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供更详细的法律建议。