结论：按自然月天数计算工资在一般情况下是不合法的，正确的做法应是按照月计薪天数（21.75天）来计算日工资。不过，也存在特殊情况，若双方有明确约定且不违反法律法规的强制性规定以及合理原则，该计算方式也可能被视为合法有效。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况：不合法
法律依据：
- 根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，月计薪天数为21.75天，这是综合考虑全年天数、法定节假日及休息日后确定的标准。
- 《中华人民共和国劳动法》第四十七条规定，用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，但这种自主权并非无限制的，仍要在遵守相关法律法规的前提下行使，比如不能违反按劳分配等基本原则来随意确定工资计算方式。
具体影响：
- 若公司按每月实际天数（如30天）计算日工资，将导致员工在加班、请假等情况下的工资收入减少，因为日工资基数降低。
- 此种计算方式可能忽视员工实际出勤天数，特别是在员工缺勤或工作未满一个月时，工资计算将变得不准确且不公平。
实例说明：
- 假设员工月工资为6000元，按正确方式计算，日工资应为\(6000{\div}21.75\approx275.86\)元。若按每月30天计算，则日工资仅为200元，显然损害了员工权益。
二、特殊情况：可能合法
双方约定：
- 在劳动合同或其他书面协议中，若双方明确约定按每月实际天数计算日工资，并且该计算方式不违反最低工资标准等法律法规的强制性规定，同时符合按劳分配等合理原则，则可视为合法有效。
- 这种约定通常适用于特殊行业或工作岗位，其工作时间和薪酬计算方式具有特殊性，且需经过双方充分协商并达成一致意见。
合规性要求：
- 即使存在双方约定，也需确保计算出的工资数额不低于当地最低工资标准。
- 同时，应避免因计算方式不当而导致员工在加班、请假等情况下的合法权益受损。
三、正确的工资计算方法
对于月薪制员工，若整月出勤且没有请假、旷工等扣减情况，工资通常会按照月薪标准直接发放。若存在非整月出勤或需要扣减工资的情况，则应根据以下公式计算应发工资：
计算公式：
\(月工资标准{\div}月计薪天数（21.75天）\times实际出勤天数\)
示例：
某员工月工资标准为5000元，当月出勤18天，则当月工资为：
\(5000{\div}21.75\times18\approx4137.93\)（元）
四、建议
公司方面：
- 公司在制定工资计算制度时，应严格遵守法律法规，确保制度的公平性和合法性。
- 应明确工资计算方式和标准，并在劳动合同中与员工进行明确约定，以避免后续产生争议。
员工方面：
- 员工应了解自己的薪酬政策和劳动合同中的相关规定，以确保自身权益得到充分保障。
- 如遇工资计算不合法或存在争议的情况，应及时与公司相关部门沟通解决，或寻求法律帮助以维护自身权益。
总之，按自然月天数计算工资在一般情况下是不合法的，但存在特殊情况可能合法。公司应制定合法、公平的工资计算制度，并与员工进行明确约定；员工也应了解自己的权益，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。