公司面对员工提交被迫离职申请时，应首先核实离职原因的真实性与合法性，再根据具体情况采取相应措施，包括但不限于沟通协商、法律审查及妥善处理离职手续。具体分析如下：

1. 核实离职原因的真实性与合法性
   员工提交被迫离职申请，通常基于《劳动合同法》第三十八条规定的情形，如公司未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险、未提供劳动保护或劳动条件、强迫劳动或危及人身安全等。公司应立即启动内部调查，核实员工主张的事实是否属实。例如，若员工称未足额支付工资，需核查工资发放记录、考勤记录及绩效考核依据；若称未缴纳社保，需核对社保缴纳凭证及员工入职时间。若调查发现员工主张不实，公司可要求员工撤回申请或通过书面形式澄清事实；若属实，则需进入下一步处理。

2. 沟通协商，尝试化解矛盾
   即使员工主张的事实成立，公司仍可通过沟通协商解决问题，避免劳动争议升级。例如，若因财务临时困难导致工资延迟发放，公司可向员工说明情况，承诺补发时间并签署书面协议；若因社保缴纳基数争议，可协商调整或补缴方案。协商过程中，公司应保持诚恳态度，避免激化矛盾，同时注意保留沟通记录（如邮件、微信聊天记录）作为后续证据。若协商成功，员工撤回离职申请，公司需履行承诺并及时落实解决方案；若协商无果，则需进入法律审查阶段。

3. 法律审查，评估风险并制定应对策略
   若员工主张的事实成立且协商无果，公司需评估法律风险。根据《劳动合同法》第四十六条，若员工以第三十八条为由解除劳动合同，公司需支付经济补偿金（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。此外，若公司存在违法行为（如未缴社保），员工还可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补缴社保、支付赔偿金等。公司应委托法律顾问或律师审查内部管理流程，确认是否存在其他潜在违法点（如未签订书面劳动合同、超时加班等），并制定应对策略。例如，若员工仅以“未提供劳动条件”为由离职，但公司能证明已提供必要条件（如办公设备、工作场所），则可降低经济补偿风险。

4. 妥善处理离职手续，避免后续纠纷
   无论员工离职原因如何，公司均需依法办理离职手续，包括结算工资、经济补偿金（如有）、转移社保和公积金、出具离职证明等。若员工拒绝配合办理交接，公司可依据《劳动合同法》第五十条第二款，暂缓出具离职证明或转移档案，但需注意期限（通常不超过15日），避免被认定为违法。同时，公司应要求员工签署《离职交接单》，明确交接内容及责任，防止员工离职后以“未交接”为由主张损失。

温馨提示：若公司对员工主张的事实或法律风险存在疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细法律分析。