绩效奖金被扣，申请劳动仲裁是有用的，但具体效果取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
一、法律基础与适用范围
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因劳动报酬等发生的争议属于劳动争议范畴，可依法申请劳动仲裁。绩效奖金作为劳动报酬的一部分，若用人单位无故克扣或扣除依据不明确，劳动者完全有权通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。
二、绩效奖金被扣的常见情形及合法性判断
合法扣除情形：
- 绩效考核不达标且制度明确：如果公司的绩效考核制度明确规定了考核标准、流程以及未达标时的处理措施，且这些制度已经向劳动者公示或告知，那么因绩效考核不达标而扣除绩效奖金是合法的。
- 严重违反公司规章制度：如果劳动者严重违反了公司的规章制度，且该规章制度与绩效奖金的发放相关联，公司有权根据规章制度扣除绩效奖金。
- 造成重大经济损失：如果劳动者的行为给公司造成了重大经济损失，且该损失与绩效奖金的发放有直接关联，公司也有权扣除相应的绩效奖金。
非法扣除情形：
- 无明确考核标准或流程：如果公司没有明确的绩效考核标准或流程，或者这些标准、流程没有向劳动者公示或告知，那么因绩效考核不达标而扣除绩效奖金就是非法的。
- 未公示考核结果：即使公司有明确的绩效考核标准或流程，但如果未将考核结果公示或告知劳动者，劳动者也有权对扣除的绩效奖金提出异议。
- 恶意压低评分：如果公司存在恶意压低劳动者绩效考核评分的行为，以达到扣除绩效奖金的目的，这也是非法的。
- 与工作表现无关的个人原因扣款：如果公司因与劳动者工作表现无关的个人原因（如个人恩怨、偏见等）而扣除绩效奖金，这同样是非法的。
三、劳动仲裁的有效性条件
- 证据充分性：劳动者需提供劳动合同、工资条、绩效考核记录等证据，以证明扣款的不合理性。例如，如果劳动者能够提供证据证明自己的工作表现符合绩效考核标准，但公司仍然扣除了绩效奖金，那么劳动者的仲裁请求就很可能得到支持。
- 程序合规性：公司需提前告知考核标准，并给予劳动者申诉机会。如果公司未履行这些程序义务，即使存在考核制度，也可能被认定违法。例如，某企业未公示考核细则即扣款，最终被裁定补发工资，这就是一个典型的程序不合规导致的非法扣款案例。
- 时效要求：劳动者需在知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，逾期可能丧失胜诉权。因此，劳动者在发现自己的绩效奖金被非法扣除后，应及时向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。
四、劳动仲裁的实际作用
- 追回损失：成功案例显示，大部分合理诉求可获得支持，包括补发工资差额及经济补偿金。如果劳动者的仲裁请求得到支持，那么公司就需要补发被扣除的绩效奖金，并可能需要支付经济补偿金。
- 规范用工：仲裁结果可促使企业完善考核制度，避免类似纠纷再次发生。通过劳动仲裁，企业可以认识到自己在绩效考核和奖金发放方面存在的问题，从而完善相关制度，提高用工管理的规范性和合法性。
- 法律威慑：即便部分诉求未获支持，也能引起企业对劳动法规的重视。劳动仲裁的结果具有法律效力，即使劳动者的部分诉求未获支持，也能让企业认识到劳动法规的严肃性和不可违反性，从而在未来的用工管理中更加谨慎和合规。
建议：如果您发现自己的绩效奖金被非法扣除，首先尝试与公司进行沟通协商，看是否能够解决问题。如果沟通无果，那么您可以及时收集相关证据，向当地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。在仲裁过程中，您可以积极陈述自己的主张，并对公司的抗辩进行有针对性的回应。如有需要，也可以随时向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。