工厂以罚款作为部门经费的做法不合法。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从罚款的合法性角度
   根据我国《行政处罚法》等相关法律规定，只有具备行政处罚权的行政机关（如市场监管、税务等部门）才能依法对违法行为实施罚款。工厂作为企业，并不具备行政处罚权，因此无权对员工进行罚款。即使工厂在规章制度中规定了罚款条款，这些条款也因违反法律强制性规定而无效。

2. 从罚款用途的合法性角度
   即使假设工厂有权罚款（实际上无权），将罚款作为部门经费也涉嫌违法。罚款属于对员工财产权的剥夺，其用途必须符合法律规定，通常应上缴国库或用于特定公益目的。工厂私自将罚款用于部门经费，属于挪用资金或侵占员工财产的行为，可能面临法律责任。

3. 从劳动法律关系角度
   根据《劳动合同法》等相关规定，工厂对员工的处罚应限于警告、记过、解除劳动合同等纪律处分，且必须符合法定程序和条件。罚款不属于合法的劳动纪律处分方式，工厂以此作为部门经费的做法，不仅损害员工合法权益，也可能引发劳动争议。

建议：

• 工厂应立即停止此类行为，并审查内部规章制度，确保符合法律规定。
  
• 若工厂希望规范员工行为，可通过绩效考核、奖金调整等合法方式实现，而非罚款。
  
• 员工若遇到此类情况，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身权益。
  

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