关于您提出的“部门对公司收罚款是否合法”的问题，这实际上涉及到了公司对员工进行经济处罚的合法性问题。以下是我为您提供的详细分析：
一、公司罚款的一般不合法性
首先，从法律层面来看，公司直接对员工进行罚款通常是不合法的。根据我国《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。罚款本质上属于克扣工资的行为，而公司在没有法律明确授权的情况下，是无权对员工进行罚款的。此外，罚款作为一种行政处罚措施，其实施主体只能是具有相应执法权的行政机关，公司作为企业法人，并不具备行政执法权。
二、特殊情况下公司要求员工承担经济责任的合法性
尽管公司一般无权罚款，但在某些特殊情况下，公司要求员工承担一定的经济责任却具有合理性和合法性。这主要发生在以下两种情形：
规章制度合法且公示：公司可以制定合法合理的规章制度来规范员工行为。这些规章制度应经过民主程序制定，内容不违反法律法规的强制性规定，并已向员工公示或告知。在员工违反这些规章制度时，公司可以依据规定采取一定的经济处罚措施，如扣除部分奖金或绩效工资等。但需要注意的是，这种经济处罚并非传统意义上的“罚款”，而是基于规章制度的一种违约责任的承担方式，且处罚程度应适当，不能过度加重员工的负担。
劳动合同约定：如果员工因个人原因导致公司遭受经济损失，并且劳动合同中有明确约定，公司可以要求员工按照劳动合同的约定赔偿经济损失。这种赔偿是基于合同约定的民事责任，而非罚款。在这种情况下，公司需要证明员工的过错行为与经济损失之间的因果关系，并按照合同约定的方式进行赔偿。
三、公司管理员工的合法替代措施
为了避免直接罚款可能带来的法律风险，公司可以采取其他合法的替代性措施来管理员工行为。例如，制定完善的规章制度和企业奖惩制度，明确员工的行为规范和违规处理措施；对于违反规定的员工，可以进行警告、记过、降级、撤职等纪律处分；在严重情况下，可以依法解除劳动合同；同时，通过员工培训和教育提升员工的合规意识和职业素养。
四、针对您问题的具体回答
回到您的问题，“部门对公司收罚款”这一表述可能有些模糊。如果是指部门作为公司内部的一个管理单元，直接对员工进行罚款，那么这通常是不合法的，因为部门本身并不具备行政执法权。如果是指公司整体对员工进行罚款，那么也需要根据上述分析来判断其合法性。在一般情况下，公司直接对员工进行罚款是不合法的，但在特定条件下（如规章制度合法且公示、劳动合同有明确约定等），公司可以要求员工承担一定的经济责任。
综上所述，公司罚款在一般情况下是不合法的，但在特定条件下具有一定的合理性和合法性。公司应通过制定合法合理的规章制度和劳动合同约定来规范员工行为，并采取合法的替代措施来管理员工。在员工造成损失时，应依法追究其赔偿责任，而非直接进行罚款。希望这个回答能够对您有所帮助。