宅基地加盖二层是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从多个角度为您详细分析：

1. 规划许可角度：

   • 根据《城乡规划法》的相关规定，在乡、村庄规划区内进行农村村民住宅建设，不得占用农用地；确需占用农用地的，应当依照《土地管理法》有关规定办理农用地转用审批手续后，由城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
   • 若您的宅基地加盖二层行为未取得乡村建设规划许可证，或者加盖行为违反了规划许可证中规定的建设内容（如建筑高度、层数等），则可能构成违法建设，面临被责令停止建设、限期改正，甚至拆除的风险。

2. 土地使用权角度：

   • 宅基地使用权是农村村民基于其集体经济组织成员身份而享有的福利性权利，具有无偿性、身份性和有限性等特点。
   • 若加盖二层行为超出了宅基地使用权证上载明的面积或范围，或者未经批准擅自改变了土地用途（如将宅基地用于非居住用途），则可能构成对土地管理法规的违反，面临行政处罚。

3. 相邻关系角度：

   • 在加盖二层时，还需考虑对相邻方的影响。如加盖行为可能影响相邻方的通风、采光、日照等权益，根据《民法典》中关于相邻关系的规定，您可能需要承担相应的民事责任，如停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等。

4. 实际操作建议：

   • 事先咨询：在加盖二层前，建议您先咨询当地城乡规划部门或土地管理部门，了解相关政策和规定，确保加盖行为合法合规。
   • 办理手续：若符合加盖条件，应按照规定办理乡村建设规划许可证等必要手续，确保加盖行为有法可依。
   • 注意安全：在加盖过程中，应确保施工安全，遵守相关建筑安全规范，避免发生安全事故。

总结来说，宅基地加盖二层是否合法，需综合考虑规划许可、土地使用权、相邻关系等多方面因素。若您打算进行加盖，建议事先咨询相关部门并办理必要手续，以确保加盖行为的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。