结论：迟到扣满勤后是否还扣工资，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定。一般情况下，如果规章制度或劳动合同中明确规定了迟到会同时扣除全勤奖和部分工资，那么公司是有权这样做的；但如果规章制度或劳动合同中没有明确规定，或者规定不明确，那么公司可能就不能仅因迟到就同时扣除全勤奖和工资。
详细分析：
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 公司的规章制度以及劳动合同是员工与公司之间权利义务关系的重要依据。如果其中明确规定了迟到会同时扣除全勤奖和部分工资，那么员工在迟到的情况下，公司就有权按照这些规定进行扣除。
- 例如，某公司的规章制度中可能规定：“员工每月迟到超过3次，将扣除当月全勤奖，并每次迟到扣除当日工资的10%。”在这种情况下，如果员工迟到了4次，公司就有权扣除其全勤奖以及4次迟到的工资部分。
法律法规的约束：
- 虽然公司有权制定规章制度，但这些规章制度必须符合国家法律法规的规定。如果公司的规章制度或劳动合同中的扣除条款违反了法律法规的强制性规定，那么这些条款就是无效的。
- 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，员工有权获得与其劳动相对应的报酬，公司不得随意扣除员工的工资。因此，如果公司仅因迟到就扣除大量工资，可能构成违法扣除工资的行为。
实际操作中的建议：
- 对于员工来说，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同中的条款，特别是关于工资、奖金、扣除等方面的规定，确保自己的权益得到保障。
- 如果公司确实存在违法扣除工资的行为，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
特殊情况说明：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中没有明确规定迟到会扣除工资，但公司却在实际操作中进行了扣除，那么员工有权要求公司返还被扣除的工资，并可以就此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 另外，如果迟到是因为不可抗力因素（如交通堵塞、突发疾病等）导致的，员工也可以向公司说明情况，争取不扣除或减少扣除工资。
总结与建议：
迟到扣满勤后是否还扣工资，取决于公司的规章制度和劳动合同的约定。为了避免不必要的纠纷，建议公司在制定规章制度和签订劳动合同时，明确规定迟到等违纪行为的处理方式和扣除标准。同时，员工也应仔细阅读合同条款，了解自己的权益和义务。如果有任何疑问或发现公司存在违法扣除工资的行为，应及时向专业律师或我，陈燕璇律师咨询，以维护自己的合法权益。