仲裁协议在一般情况下不能排除法院的专属管辖，但在满足特定条件时，合法有效的仲裁协议可以排除法院对约定争议事项的专属管辖。以下是对此问题的详细分析：

一、仲裁协议不能排除法院专属管辖的一般原则

专属管辖是法律强制规定的，某类案件只能由特定法院管辖的制度，具有极强的排他性、优先性与强制性。它通常涉及国家公共利益或重大社会利益，如因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。对于这类纠纷，即使当事人达成了仲裁协议，该协议中涉及专属管辖事项的部分也可能会被认定无效，因为专属管辖的目的在于维护国家的司法主权、社会公共利益以及法律适用的确定性和统一性。

二、仲裁协议可以排除法院专属管辖的特殊情形

尽管专属管辖具有极强的排他性，但在某些特殊情况下，一个合法有效的仲裁协议仍然有可能排除法院的专属管辖。这主要基于以下几点考虑：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》第五条，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这一条款直接确立了仲裁协议对诉讼管辖权的排除效力。
   • 同时，《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释也明确了在特定领域，如涉外经济贸易、运输和海事中发生的纠纷，当事人在合同中订有仲裁条款或者事后达成书面仲裁协议，提交仲裁机构仲裁的，当事人不得向人民法院起诉。

2. 仲裁协议的有效性：

   • 要使仲裁协议具备法律效力并排除法院的管辖权，必须满足以下条件：请求仲裁的意思表示明确、仲裁事项具体可仲裁、选定的仲裁委员会确定。
   • 如果仲裁协议同时满足上述条件，它就具备了法律效力，能够有效地排除法院对约定争议事项的管辖权。

3. 不违反法律强制性规定：

   • 虽然仲裁协议可以排除专属管辖，但这一排除必须是明确的、有效的，且不能违反法律的强制性规定。如果涉及国家利益、公共秩序等重大问题，或者仲裁协议的排除违反了法律的明确规定，那么法院可能会保留对案件的管辖权。

三、司法实践中的综合判断

在司法实践中，对于仲裁协议能否排除专属管辖的认定，法院会综合考虑各种因素，包括但不限于纠纷的性质、法律规定、当事人的意思表示以及仲裁协议的具体内容等。法院会根据具体案件的情况，结合相关法律规定进行综合判断，以确定仲裁协议是否能够排除专属管辖。

四、实际建议

1. 签订仲裁协议时：双方当事人应确保协议的合法性、有效性和明确性，明确约定仲裁事项和选定的仲裁机构，以避免可能出现的纠纷和争议。
2. 发生争议时：如果当事人之间存在有效的仲裁协议，且争议事项属于仲裁协议约定的范围，那么当事人应优先选择通过仲裁方式解决争议，而不是向法院提起诉讼。
3. 面对法院管辖时：如果当事人向法院提起诉讼，而法院在受理前发现存在有效的仲裁协议，法院会依法驳回起诉，并告知当事人应向约定的仲裁机构申请仲裁。

示例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，并在合同中约定了仲裁条款，约定因合同产生的争议提交某仲裁机构仲裁。后来，因合同履行产生争议，甲方向法院提起诉讼。如果法院在受理前发现存在有效的仲裁协议，且争议事项属于仲裁协议约定的范围，那么法院会依法驳回甲方的起诉，并告知其应向约定的仲裁机构申请仲裁。

综上所述，仲裁协议与法院专属管辖的关系并非绝对对立，而是存在一定的灵活性和复杂性。在具体案件中，需要根据相关法律规定、仲裁协议的具体内容以及实际情况进行综合判断。如果您在签订仲裁协议或面临争议解决时遇到任何问题，可以直接向我咨询。