结论：工作十二个小时是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于是否符合劳动法关于工作时间和加班的规定。
一、标准工作时间下的合法性分析
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是标准工作时间的基本要求。
若每日工作十二小时，且未安排补休或支付加班费：
- 这明显超出了每日八小时的标准工作时间，违反了劳动法的规定。
- 劳动者有权要求用人单位支付加班费或安排补休，以维护自己的合法权益。
若每日工作十二小时，但已安排补休或支付加班费：
- 虽然工作时间超出了标准，但如果用人单位已经按照法律规定安排了补休或支付了加班费，那么这种工作安排在法律上是被允许的。
- 加班费的具体支付标准应依据《劳动法》第四十四条的规定执行，即工作日加班支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬，休息日加班又不能安排补休的支付不低于工资的百分之二百的工资报酬，法定休假日加班支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
二、特殊工时制度下的合法性分析
除了标准工作时间外，劳动法还规定了不定时工作制和综合计算工时工作制等特殊工时制度。
不定时工作制：
- 主要适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的劳动者。
- 在这种制度下，劳动者的工作时间不受标准工作时间的限制，因此每日工作十二小时可能并不违法。
- 但用人单位需经劳动行政部门批准后实施，并确保劳动者的休息休假权利。
综合计算工时工作制：
- 主要适用于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
- 在这种制度下，劳动者的工作时间以周、月、季、年等为周期综合计算，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 如果在一个综合计算周期内，劳动者的总工作时间未超过法定标准工作时间，那么每日工作十二小时可能并不违法。但同样需要用人单位经劳动行政部门批准后实施。
三、法律建议
对于劳动者：
- 如果发现自己的工作时间超出了法定标准，且未获得相应的补休或加班费，应及时向用人单位提出异议，并保留好相关证据（如工作记录、考勤表等）。
- 如果用人单位拒绝改正或协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 应严格遵守劳动法的规定，合理安排劳动者的工作时间，确保不超出法定标准。
- 如果因生产需要必须安排劳动者加班，应依法支付加班费或安排补休，并确保劳动者的休息休假权利。
- 在实施特殊工时制度时，应提前向劳动行政部门申请批准，并严格按照批准的内容执行。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。