公司发现发货员工存在贪污行为时，应立即采取以下措施，以最大限度维护公司权益并降低法律风险：

1. 内部调查与证据固定

   • 初步核实：通过核对发货记录、库存数据、财务流水等，确认贪污事实是否存在及具体金额。
     
   • 证据收集：保留监控录像、书面记录、证人证言等直接或间接证据，确保证据链完整（如贪污员工签字确认的异常单据）。
     
   • 注意程序合法性：调查过程中避免侵犯员工隐私权（如非法搜查、窃听），否则可能面临员工反诉。

2. 根据贪污情节选择处理方式

   • 情节较轻（如金额较小、初犯）：
     
     • 内部处理：依据公司规章制度（如《员工手册》）进行警告、记过、降薪或辞退，并要求退还赃款。
       
     • 法律警示：明确告知员工贪污行为可能涉及刑事犯罪（如职务侵占罪），起到威慑作用。
       
   • 情节严重（如金额较大、多次作案）：
     
     • 刑事报案：向公安机关经侦部门报案，提交证据材料，追究员工刑事责任（根据《刑法》第271条，职务侵占罪最高可处无期徒刑）。
       
     • 民事索赔：同步提起民事诉讼，要求员工赔偿公司损失（包括直接损失和调查费用等）。

3. 完善公司内控机制

   • 制度优化：修订发货流程、财务审批制度，明确岗位分离原则（如发货员不兼任库存核对），减少贪污机会。
     
   • 定期审计：委托第三方机构对关键环节（如采购、仓储、物流）进行审计，及时发现潜在风险。
     
   • 员工培训：加强法律合规培训，明确贪污行为的法律后果，强化职业道德教育。

4. 后续法律风险防范

   • 避免“以罚代管”：若公司未依法处理（如未报案却扣发工资），可能被员工主张“违法解除劳动合同”或“拖欠工资”。
     
   • 关注共犯风险：若贪污行为涉及其他员工或外部合作方（如物流公司），需一并调查，防止串供或掩盖事实。
     

提示：具体操作需结合公司规模、贪污金额、证据充分性等因素综合判断。若涉及复杂情形（如员工否认、证据不足），可进一步向我说明细节，我会协助制定针对性方案。