发现员工贪污，公司应当采取一系列措施来妥善处理。以下是我作为专业律师，结合公司法务实践给出的详细建议：

一、立即开展内部调查

首先，公司应迅速启动内部调查程序，收集相关证据。这些证据包括但不限于财务账目、交易记录、证人证言等，以确保后续处理有充分的事实依据。调查过程中，要确保证据的合法性、真实性和完整性。

二、依据公司制度处理

1. 证据确凿时解除劳动合同：若内部调查确认员工存在贪污行为，且证据充分，公司可依据内部规章制度，解除与涉事员工的劳动合同。此时，无需支付经济补偿金。

2. 追回损失并索赔：对于员工贪污给公司造成的经济损失，公司可通过民事诉讼途径，要求员工返还非法所得，并赔偿因此产生的损失。

三、涉及刑事犯罪时及时报案

若员工贪污数额较大，达到职务侵占罪或贪污罪的立案标准，公司应及时向公安机关报案。司法机关将依法立案侦查，并追究涉事员工的刑事责任。在此过程中，公司应积极配合司法机关的调查，提供必要的协助和证据。

四、全程注意证据保管与合法性

在整个处理过程中，公司应妥善保管相关证据，确保证据的来源合法、程序合规。避免因证据问题导致后续处理出现法律风险。

五、总结与建议

发现员工贪污后，公司应迅速、果断地采取措施，既要维护公司的合法权益，又要确保处理过程的合法性和合规性。同时，公司也应加强内部管理和监督，防范类似事件的再次发生。

若您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。作为专业律师，我将竭诚为您提供法律支持。