结论前置：员工仲裁公司时若公司已转让，赔偿责任的承担需根据转让类型（股权转让或资产转让）及转让协议的具体约定来确定，具体如下：
股权转让情况下的赔偿责任
- 公司主体存续：在股权转让中，公司的法人资格并未发生变更，仅是股东结构发生了变化。因此，原公司的债权债务关系（包括与员工的劳动争议）原则上仍由转让后的公司承担。
- 仲裁对象：员工在申请仲裁时，仍应以原公司（即转让后的公司）为被申请人。
- 赔偿范围：赔偿范围依据《劳动合同法》及相关规定确定，包括但不限于未支付的工资、经济补偿金、赔偿金等。
资产转让情况下的赔偿责任
- 公司主体变更或注销：若公司通过资产转让的方式，将主要资产转让给另一公司，并可能导致原公司主体变更或注销的，情况则相对复杂。
- 转让协议约定：首先需审查转让协议中是否对劳动债务的承担有明确约定。若有约定，则按约定执行；若无约定或约定不明，则需根据法律规定及实际情况判断。
- 劳动者权益保护：
- 继续履行合同：若资产转让后，原公司的员工被新公司接收并继续履行原劳动合同的，新公司应承担原公司的劳动债务。
- 经济补偿：若资产转让导致原劳动合同无法继续履行，且原公司未依法支付经济补偿的，员工有权要求原公司或新公司（根据实际情况判断）支付经济补偿。
- 连带责任：在特定情况下（如资产转让未依法通知劳动者、未依法支付经济补偿等），新公司可能需对原公司的劳动债务承担连带责任。
特殊情况下的赔偿责任
- 恶意转让：若公司转让是为了逃避债务（包括劳动债务），且转让行为损害了劳动者的合法权益的，劳动者有权请求法院撤销该转让行为，并要求原公司及受让人承担连带责任。
- 未了结的劳动争议：若公司转让时存在未了结的劳动争议，且转让协议未对该争议的解决作出明确约定的，劳动者仍有权就原争议向仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼，并要求转让后的公司承担相应责任。
建议与行动指南：
- 收集证据：员工应收集与公司转让、劳动合同履行及劳动争议相关的所有证据材料，包括但不限于劳动合同、工资单、转让协议、通知文件等。
- 咨询专业律师：鉴于劳动争议的复杂性和专业性，建议员工在申请仲裁前咨询专业律师，以全面了解自身权益及可能的法律后果。
- 及时申请仲裁：员工应在知道或应当知道其权益受到侵害之日起一年内，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以免超过仲裁时效。
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