医院在结算绩效时不扣除成本是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若劳动合同或规章制度中有明确规定：
- 如果医院与劳动者签订的劳动合同中，或者医院的规章制度中明确规定了绩效工资的计算方式，且未提及扣除成本，那么医院在结算绩效时不扣除成本就是合法的。因为劳动合同和规章制度是双方约定的依据，只要不违反法律法规的强制性规定，就应当被遵守。
- 反之，如果劳动合同或规章制度中明确规定了绩效工资需要扣除成本，而医院未扣除，那么医院的行为可能构成违约，但不一定违法（除非该规定本身违法）。不过，从劳动者权益保护的角度来看，医院未扣除成本实际上增加了劳动者的收入，对劳动者是有利的。
若劳动合同或规章制度中无明确规定：
- 在这种情况下，医院结算绩效时是否扣除成本，就需要参考行业惯例、公平原则以及劳动法的相关规定。如果行业惯例是扣除成本，而医院未扣除，虽然不一定违法，但可能引发内部管理上的不公平感。
- 从劳动法的角度来看，绩效工资作为劳动者劳动报酬的一部分，应当遵循公平、合理的原则。如果医院在结算绩效时未扣除成本，导致绩效工资的计算方式显失公平（例如，使得某些劳动者的绩效工资过高，而其他劳动者的绩效工资过低），那么这种做法可能违反劳动法的公平原则。然而，要认定这一点，需要具体的证据和事实支持。
关于成本扣除的合法性边界：
- 即使劳动合同或规章制度中规定了绩效工资需要扣除成本，医院在扣除成本时也必须遵守相关法律法规的规定。例如，扣除的成本必须是合理的、与绩效直接相关的，且不得违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等）。
- 如果医院扣除的成本不合理或违法，那么这种扣除行为就是违法的，劳动者有权要求医院予以纠正或寻求法律救济。
建议：
- 对于劳动者而言，如果关心绩效工资的计算方式，建议仔细阅读劳动合同和医院的规章制度，了解绩效工资的具体计算方法和规定。
- 如果对绩效工资的计算方式有疑问或不满，可以与医院的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
- 如果认为医院的做法违反了法律法规或劳动合同的规定，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
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