协议只是签名未盖章，在多数情况下仍然可能是有效的，但具体效力需结合实际情况及法律规定来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一般原则下的有效性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，签名、盖章或按指印都是合同成立的合法方式，具有同等的法律效力。因此，在一般情况下，只要协议是双方真实意思表示，内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，即使只签名未盖章，协议也是有效的。
特殊情况下的无效性：
- 合同约定生效条件：如果协议中明确约定了“本协议自双方签字并盖章之日起生效”，那么在这种情况下，仅签名而未盖章将不满足协议约定的生效条件，因此协议可能不发生法律效力。
- 超越权限或无代理权：若签字人未经授权或超越权限签字，且不能构成表见代理（即相对人无理由相信其有代理权），则该协议可能对法人或组织不发生效力。例如，公司员工未经公司授权，擅自以公司名义签订协议并签名，但未加盖公司公章，若相对人明知该员工无此权限，则该协议对公司不发生效力。
- 违反法律法规或公序良俗：即使协议已签名，但如果协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了社会公德和公共利益（即公序良俗），那么该协议依然无效。比如，协议内容涉及非法交易、侵害他人合法权益等，这样的协议自始无效。
实际履行对协议效力的影响：
- 即使协议未盖章，但如果存在其他证据证明协议已经被实际履行（如付款记录、交货凭证等），这些证据也能作为协议有效性的有力支撑。因为在实际履行过程中，双方的行为已经默认了协议的约束力。例如，双方签订了一份买卖合同，买方已支付货款，卖方已交付货物，即使合同未盖章，但双方的实际履行行为已经证明了合同的有效性。
法律建议：
- 在签订协议时，建议尽量明确协议的生效条件，并确保签字人具备合法的代表权或代理权，以避免后续可能出现的法律纠纷。
- 如果协议只签名未盖章，且存在疑虑或争议，建议及时向我咨询，以便根据具体情况进行综合判断和处理。
总结来说，协议只是签名未盖章并不一定无效，其效力取决于多种因素，包括协议的具体内容、双方的真实意图、是否存在代理权问题以及是否有协议履行证据等。在处理此类问题时，应综合考虑各种因素，并根据实际情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。