将标准工时制改成综合工时制本身并不违法，但需要满足法定条件并履行相应程序。具体分析如下：

1. 法律依据与条件
   根据《劳动法》第三十九条及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》，企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可实行综合工时制。核心条件包括：
   

• 企业需存在生产特点（如季节性、周期性或特殊岗位需求）；
  
• 必须向劳动行政部门申请并获得批准；
  
• 需与工会或劳动者协商一致（部分地区要求书面协议）。

1. 程序合法性要求
   若企业未履行审批程序或未与劳动者协商，直接单方面变更工时制度，则属于违法行为。例如：
   

• 未审批：即使劳动者同意，未经劳动部门批准的综合工时制仍无效；
  
• 未协商：根据《劳动合同法》第三十五条，变更劳动合同（包括工时制度）需双方协商一致并采用书面形式。

1. 劳动者权益保障
   即使合法实行综合工时制，企业仍需遵守以下规则：
   

• 工时限制：在综合计算周期内，总实际工作时间不得超过法定标准工时（如月166.64小时），超时部分需支付150%加班费；
  
• 休息权：需保证劳动者每周至少休息1天，且平均日工作时间不超过8小时；
  
• 特殊保护：对怀孕7个月以上或哺乳未满1周岁婴儿的女职工，不得安排其从事综合工时制岗位。

建议：若您遇到企业擅自变更工时制度的情况，可先要求企业出示劳动行政部门的批准文件及协商记录。如企业无法提供，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张恢复原工时制度或要求支付违法加班费。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。