在农村水田上建房，一般情况下是不合法的。水田作为农用地的重要组成部分，其主要用途是农业生产，国家对农用地转为建设用地实行严格的管制制度，以保护耕地资源。以下是对这一问题的详细分析：
一、不合法的依据
土地用途管制与耕地保护：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，我国实行严格的土地用途管制制度，将土地明确划分为农用地、建设用地和未利用地。水田作为农用地，其主要用途是农业生产，未经依法批准，擅自将水田用于建房，属于违法行为。
- 特别是如果水田属于永久基本农田或一般耕地，通常是不允许在上面建房子的。这不仅违反了土地管理法的规定，也违背了国家保护耕地的基本国策。
法律后果：
- 非法占用耕地建房将受到法律的制裁。自然资源部门或农业农村部门有权责令停止违法行为，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
- 此类违法建筑可能面临被拆除的风险，且拆除费用通常由违法者承担。同时，还可能面临罚款等行政处罚。
二、合法建房的特殊情况及程序
尽管一般情况下不允许在水田上建房，但在某些特殊情况下，如果确实需要在农村土地上（包括水田）进行建设，必须按照法定程序办理相关审批手续：
符合规划：
- 所申请建房的水田所在区域必须符合土地利用总体规划、村庄规划等相关规划要求。只有当规划中该地块已经被确定为建设用地时，才具备建房的前提条件。
申请审批：
- 需要向相关部门提出农用地转用申请。这一过程通常需要经过乡镇政府、县级自然资源主管部门等多级审核和批准。
- 如果涉及占用耕地，还需要按照“占补平衡”的原则，开垦与所占用耕地的数量和质量相当的耕地，或者缴纳耕地开垦费。
取得相关证件：
- 经过审批后，申请人还需要按照规定办理宅基地审批、乡村建设规划许可证等相关建房手续。
- 只有取得了这些合法证件，才能动工建设。
三、建议与提醒
- 了解当地政策：对于有意在农村土地上建房的个人或单位，建议先详细了解当地的土地利用规划和政策规定，并咨询相关部门以获取准确的指导和帮助。
- 遵守法律法规：在任何情况下，都应严格遵守法律法规，确保合法合规地使用土地。避免因违法违规建房而面临法律制裁和经济损失。
- 及时咨询：如果您对农村水田建房的具体法律问题或审批程序有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。
综上所述，农村水田建房必须严格遵守国家法律法规，依法办理相关审批手续。任何单位和个人在进行建设活动前，应充分了解土地性质和规划要求，避免违法行为带来的严重后果。