在城市规划区里占水田建房的农村村民，主要违反了《中华人民共和国土地管理法》以及《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定。以下是对这两部法律的具体分析：
违反《中华人民共和国土地管理法》：
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第四条，国家实行土地用途管制制度，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。其中，农用地包括耕地、林地、草地等。水田作为耕地的一种，属于农用地范畴。
- 违法行为：村民在城市规划区内占用水田建房，实际上是将农用地转变为了建设用地，且未经过合法的土地用途变更手续，这违反了土地用途管制制度。
- 法律后果：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
违反《中华人民共和国城乡规划法》：
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第四十一条，在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设以及农村村民住宅建设，不得占用农用地；确需占用农用地的，应当依照《中华人民共和国土地管理法》有关规定办理农用地转用审批手续后，由城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
- 违法行为：村民在城市规划区内占用水田建房，若未经过农用地转用审批手续和乡村建设规划许可证的核发，即属于违法建设。
- 法律后果：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
综合建议：
- 对于已经占用水田建房的村民，应尽快向当地自然资源主管部门和城乡规划主管部门咨询相关手续办理情况，若未办理相关手续，应尽快补办或拆除违法建筑，以避免法律后果。
- 对于计划在城市规划区内建房的村民，应提前了解当地土地利用总体规划和城乡规划，确保建房行为符合相关法律法规要求，避免违法建设带来的法律风险。
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