结论：员工因玩手机被罚款1000元是否合法，需分情况讨论，主要取决于用人单位的性质、规章制度是否合法有效以及罚款金额是否合理。具体分析如下：

1. 用人单位性质的影响
   根据《劳动合同法》及相关规定，行政机关、事业单位及国有企业无权对员工进行罚款，因其行政处罚权仅能由法定机关行使。若此类单位以“玩手机”为由罚款，属于违法行为，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁要求返还罚款。
   私营企业、外资企业等非公单位虽无法定罚款权，但可通过规章制度对员工违纪行为设定“违约金”或“绩效扣减”等替代措施，但需符合法定条件。

2. 规章制度合法性的关键要素
   若企业通过规章制度约束员工行为，需满足以下条件：

   • 民主程序：规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表协商确定；
     
   • 公示告知：需通过培训、签字确认等方式向员工明示；
     
   • 内容合理：罚款金额需与违纪行为严重程度匹配，且不得超过月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》）。
     若企业未履行上述程序，或罚款金额明显过高（如1000元超过月工资20%），则规章制度无效，罚款行为违法。

3. 罚款金额的合理性判断
   即使规章制度合法，罚款金额也需合理。例如：

   • 若员工月工资为5000元，罚款1000元（占20%）可能被认定为合理；
     
   • 若月工资为3000元，罚款1000元（占33%）则可能因超过法定比例被认定违法。
     司法实践中，法院会综合违纪情节、企业损失、员工收入等因素判断罚款是否合理。

4. 替代性合法措施
   企业若想规范员工行为，可采取以下合法方式：

   • 绩效扣减：将“玩手机”与绩效考核挂钩，降低奖金或评分；
     
   • 警告、记过：通过内部纪律处分警示员工；
     
   • 解除劳动合同：若玩手机行为严重违反规章制度（如导致重大事故），可依法解除合同。
     

建议：若您遇到此类情况，可先核查企业规章制度是否经过民主程序、是否公示，以及罚款金额是否合理。若企业行为违法，您有权要求返还罚款，或向劳动监察部门投诉（电话：12333）。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。