关于员工停薪留职后被辞退的赔偿标准，这确实是一个涉及多方面因素的问题，需要具体分析辞退的原因、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下是我为您详细梳理的解答：
一、合法辞退情形下的补偿
劳动者存在过错：
- 如果在停薪留职期间，劳动者严重违反了用人单位的规章制度，比如未按规定定期汇报情况且经多次催告仍不改正，或者利用职务之便为竞争对手提供商业机密导致单位遭受重大经济损失，甚至因犯罪行为被依法追究刑事责任，那么用人单位在辞退时无需支付经济补偿。
协商一致解除劳动合同：
- 如果用人单位与劳动者在停薪留职期间协商一致解除劳动合同，那么用人单位需要按照劳动者在本单位工作的年限来支付经济补偿。具体标准是：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
二、违法辞退情形下的赔偿
- 如果用人单位无正当理由或违反法定程序（如未提前通知、未听取工会意见等）在停薪留职期间辞退劳动者，那么就构成了违法解除劳动合同。此时，用人单位需要按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
三、特殊情况下的补偿或赔偿
劳动合同期满：
- 如果停薪留职期间劳动合同期满，且用人单位决定不再续订劳动合同，那么用人单位应向劳动者支付经济补偿。但如果用人单位维持或提高劳动合同约定条件续订劳动合同，而劳动者不同意续订的，则无需支付经济补偿。
用人单位经营困难发生重大变化：
- 如果用人单位因生产经营发生严重困难等客观经济情况发生重大变化，导致劳动合同无法履行，且劳动者在停薪留职期间受到影响被辞退，那么用人单位应支付经济补偿。
四、停薪留职期间的工龄计算
- 停薪留职期间虽然劳动者未实际在公司上班，但通常仍计入工龄，除非双方另有约定或法律法规有特殊规定。因此，在计算经济补偿或赔偿金时，应将该期间纳入考虑范围。
五、经济补偿的特殊规定
- 如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，那么向其支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
六、停薪留职协议的重要性
- 停薪留职是一个特定历史时期的产物，目前法律法规对其并无统一明确的规定。因此，具体的权利义务通常由用人单位和员工签订的停薪留职协议来确定。当发生纠纷时，协议内容也是判断双方权利义务以及是否应支付补偿的重要依据。
总结与建议：
停薪留职期间被辞退的补偿情况确实复杂多变，具体取决于辞退原因、劳动合同约定及法律法规规定。因此，我建议您在面临这种情况时，首先仔细审查自身情况与公司规定，特别是停薪留职协议的内容。如果必要的话，可以咨询专业律师以维护自身合法权益。同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，确保辞退行为的合法性，避免不必要的法律纠纷。