结论：员工停薪留职期间被辞退是否有补偿，需根据辞退的具体原因、劳动合同的相关约定以及法律法规的规定来判断。以下是详细分析：
一、用人单位无需支付补偿的情形
劳动者存在过错：
- 若劳动者在停薪留职期间严重违反用人单位的规章制度，如旷工达到规定天数、泄露公司商业机密、营私舞弊给单位造成重大损害等，且这些行为符合《劳动合同法》第三十九条规定的情形，用人单位有权解除劳动合同且无需支付经济补偿。此时，用人单位应确保有充分的证据支持其解除决定，并遵循法定程序。
不能胜任工作且经培训或调岗仍不能胜任（虽停薪留职期间不直接适用，但若停薪留职前已存在此情况且未解决）：
- 若劳动者在停薪留职前的工作中已被证明不能胜任，且经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任，用人单位在提前三十日以书面形式通知或额外支付一个月工资后，可解除劳动合同，此亦属于合法解除，无需支付经济补偿。不过，这种情况在停薪留职期间直接适用的可能性较小，除非双方有特别约定或停薪留职前的问题未解决。
二、用人单位需支付补偿的情形
协商一致解除：
- 若用人单位与停薪留职员工双方协商一致解除劳动合同，根据《劳动合同法》第四十七条的规定，用人单位应向劳动者支付经济补偿。经济补偿的计算方式为：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
用人单位违法解除：
- 如果用人单位没有法定理由，随意辞退停薪留职员工，则属于违法解除劳动合同。根据《劳动合同法》第八十七条的规定，用人单位应依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。赔偿金标准即经济补偿金的二倍，经济补偿金的计算方式同上。
劳动合同期满：
- 若停薪留职期间劳动合同期满，且用人单位决定不再续订劳动合同，用人单位应向劳动者支付经济补偿。但若用人单位维持或提高劳动合同约定条件续订劳动合同，而劳动者不同意续订的，则无需支付经济补偿。
用人单位经营困难发生重大变化：
- 若用人单位因生产经营发生严重困难等客观经济情况发生重大变化，导致劳动合同无法履行，且劳动者在停薪留职期间受到影响被辞退，用人单位应支付经济补偿。
三、经济补偿的特殊规定
- 如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
四、停薪留职协议的重要性
- 停薪留职是一个特定历史时期的产物，目前法律法规对其并无统一明确的规定。因此，具体的权利义务通常由用人单位和员工签订的停薪留职协议来确定。当发生纠纷时，协议内容也是判断双方权利义务以及是否应支付补偿的重要依据。
建议：
- 对于劳动者而言，应仔细审查自身情况与公司规定，了解停薪留职协议的具体内容，必要时可咨询专业律师以维护自身合法权益。
- 对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规，确保辞退行为的合法性，避免不必要的法律纠纷。在辞退停薪留职员工时，应充分考虑辞退原因、劳动合同约定以及法律法规的规定，确保决策的合法性和合理性。
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