结论：员工请假时，工资中的基本工资和绩效工资是否都需要扣除，这主要取决于公司的规章制度、劳动合同中的约定以及请假的原因和时长。以下是对此问题的详细分析：
一、公司规章制度与劳动合同约定
公司规章制度：
- 许多公司会在其规章制度中明确规定员工请假时的工资扣除标准。这些规定可能涉及请假类型（如病假、事假、年假等）、请假时长以及对应的工资扣除比例。
- 如果公司规章制度中明确规定了请假时需要扣除基本工资和绩效工资，那么员工在请假时，这两部分工资都可能会受到影响。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间关于劳动权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了请假时的工资扣除方式，那么应按照劳动合同的约定执行。
- 如果劳动合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么应参考公司规章制度或相关法律法规进行处理。
二、请假原因与时长
请假原因：
- 病假：通常，病假期间员工会享受一定的病假工资或医疗期工资，这部分工资可能不会全额扣除基本工资和绩效工资，具体取决于公司规章制度和法律法规的规定。
- 事假：事假期间，员工通常不享受工资待遇，因此基本工资和绩效工资都可能会被扣除。但具体扣除比例仍需参考公司规章制度和劳动合同的约定。
- 年假、婚假、产假等：这些假期通常属于带薪休假，员工在休假期间应享受全额工资待遇，包括基本工资和绩效工资（如果绩效工资与出勤或工作表现直接相关且员工在休假前已达成相关绩效目标）。
请假时长：
- 短期请假（如几天）：可能只会影响当月的绩效工资计算，而基本工资可能不受影响或影响较小。
- 长期请假（如数月）：可能会同时影响基本工资和绩效工资的发放，具体取决于公司规章制度和劳动合同的约定。
三、法律法规的考量
- 在处理员工请假时的工资扣除问题时，公司还需遵守相关法律法规的规定。例如，《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规对员工的工资待遇、请假制度等方面都有明确规定。
- 如果公司规章制度或劳动合同中的约定与法律法规相冲突，那么应以法律法规为准。
四、建议与注意事项
建议：
- 员工在请假前应仔细阅读公司规章制度和劳动合同中的相关条款，了解请假时的工资扣除标准。
- 如果对公司规章制度或劳动合同中的约定有疑问或不满，可以与公司人力资源部门或上级领导进行沟通协商。
注意事项：
- 公司应确保其规章制度和劳动合同中的约定合法合规，避免侵犯员工的合法权益。
- 员工在请假时应按照公司规定的流程进行申请和审批，以确保请假的合法性和有效性。
总结来说，员工请假时工资中的基本工资和绩效工资是否都需要扣除，并没有一个固定的答案。它取决于公司的规章制度、劳动合同中的约定以及请假的原因和时长。因此，在处理这类问题时，建议员工和公司都仔细审查相关条款和规定，并遵循法律法规的要求进行操作。如果有任何疑问或不满，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。