结论：公司上班却由另外一个公司发工资，这种情形是否合法需分情况讨论，不能一概而论。

分析如下：

1. 关联公司间的合法代发：

   • 如果两家公司存在关联关系，比如母公司与子公司、总公司与分公司，或者存在其他合法的业务合作、资金调配等情形，且这种代发工资的行为是基于双方之间的合法协议或安排，同时确保了员工的工资、福利等权益不受损害，那么这种代发工资的行为是合法的。
   • 法律依据：虽然直接的法律依据可能并不明确指向关联公司代发工资，但根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，只要员工能够按时足额获得劳动报酬，且这种代发行为不违反法律法规的强制性规定，不损害员工的合法权益，就可以认为是合法的。

2. 非关联公司间的非法代发（可能涉及逃避法律责任）：

   • 如果两家公司不存在关联关系，且代发工资的行为没有合法的依据或目的，比如为了逃避税收、社保缴纳等法律责任，或者为了掩盖真实的劳动关系等，那么这种代发工资的行为就是非法的。
   • 法律后果：这种行为可能违反《劳动法》、《劳动合同法》、《税收征收管理法》、《社会保险法》等多部法律法规，用人单位可能面临罚款、补缴税款和社保费用、赔偿员工损失等法律责任。同时，如果这种行为被认定为恶意逃避法律责任，还可能对用人单位的信誉和声誉造成严重影响。

3. 员工权益保护：

   • 无论代发工资的行为是否合法，员工都有权要求按时足额获得劳动报酬，并享受相应的福利待遇。如果员工发现自己的工资被非法代发或存在其他违法行为，应及时向用人单位提出异议，并保留相关证据以便维权。
   • 建议：员工可以要求用人单位提供工资发放的明细和依据，确认工资发放的主体和金额是否与劳动合同约定一致。如果发现异常情况，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

额外提醒：

• 对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规，确保工资发放的合法性和合规性。避免为了短期利益而采取非法手段，否则将面临严重的法律后果。
• 对于员工而言，应增强法律意识，了解自己的权益和义务。在遇到工资发放等问题时，应积极维权并寻求法律帮助。

总结：公司上班却由另外一个公司发工资是否合法，取决于两家公司之间的关系以及代发工资的行为是否合法合规。如果存在疑问或发现异常情况，建议及时咨询专业律师或相关劳动部门以获取准确和权威的解答。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。