代理公司扣着凭证是否违法，需根据具体情况判断，但通常情况下，代理公司无正当理由扣着凭证是违法的。以下从不同角度进行分析：

一、法律背景与规定

1. 凭证的归属与性质：

   • 凭证，如发票、合同、收据等，是公司经营活动中产生的重要文件，其所有权通常归属于公司或相关权利人。
   • 代理公司作为受托方，在代理过程中接触到的凭证，应视为公司财产的一部分，除非有特别约定，否则不得擅自扣留。

2. 代理关系的法律约束：

   • 代理公司与客户之间通常存在代理合同或服务协议，这些合同或协议会明确双方的权利和义务。
   • 如果合同或协议中没有明确规定代理公司可以扣留凭证，那么代理公司扣留凭证的行为就可能构成违约。

3. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国合同法》（现《中华人民共和国民法典》合同编）的相关规定，当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
   • 如果代理公司扣留凭证的行为违反了合同约定或相关法律法规，公司有权要求代理公司返还凭证，并可能追究其法律责任。

二、可能的情况与后果

1. 无正当理由扣留凭证：

   • 如果代理公司无正当理由扣留凭证，如为了索要额外费用、拖延服务时间等，这种行为是违法的。
   • 公司可以要求代理公司立即返还凭证，并有权根据合同约定或相关法律法规追究其违约责任或侵权责任。

2. 有正当理由扣留凭证：

   • 在某些特殊情况下，如公司存在违法行为、代理公司需要凭证进行合法维权等，代理公司可能暂时扣留凭证。
   • 但这种情况下，代理公司应尽快通过合法途径解决问题，并及时返还凭证。如果长时间扣留或滥用凭证，仍可能构成违法。

3. 凭证被扣留的后果：

   • 凭证被扣留可能导致公司无法正常进行经营活动、无法履行合同义务、无法享受税收优惠等后果。
   • 公司可能因此遭受经济损失、声誉损害等，并有权要求代理公司承担相应的赔偿责任。

三、法律建议

1. 与代理公司沟通：

   • 公司应首先与代理公司进行沟通，了解其扣留凭证的原因和目的。
   • 如果代理公司提出合理要求或解释，公司应考虑是否满足其要求或接受其解释；如果代理公司无正当理由扣留凭证，公司应明确要求其返还。

2. 寻求法律帮助：

   • 如果与代理公司沟通无果，公司可以寻求法律帮助，如咨询律师、向相关部门投诉等。
   • 律师可以根据具体情况为公司提供法律建议、起草法律文书、代理诉讼等法律服务。

3. 完善合同条款：

   • 为了避免类似纠纷的发生，公司在与代理公司签订合同时应明确约定凭证的归属、使用、返还等条款。
   • 合同条款应具体、明确、具有可操作性，以便在发生纠纷时能够迅速解决问题。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。