针对您提出的“综合工时制辞退怎么赔付”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，无论是综合工时制还是标准工时制，辞退员工的赔付原则都主要依据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律规定。因此，以下解答将基于这些法律法规进行阐述。
一、合法辞退的经济补偿
适用情形：
- 协商一致解除劳动合同：双方就解除劳动合同达成一致意见。
- 因劳动者过错解除劳动合同：如试用期内不符合录用条件、严重违反规章制度等。
- 无过失性辞退：如劳动者患病或非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作；或者劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作等。
- 经济性裁员：因用人单位生产经营发生严重困难等原因，需要裁减人员。
补偿标准：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。
- 若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
二、违法辞退的赔偿金
如果用人单位违反《劳动合同法》的规定解除或终止劳动合同，那么需要按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。即，赔偿金 = 经济补偿金 × 2。
三、无需支付补偿的情形
当然，也存在一些无需支付经济补偿的情形，如：
- 劳动者在试用期内被证明不符合录用条件的（需用人单位提供明确证据支持）。
- 劳动者严重违反用人单位的规章制度的。
- 劳动者严重失职、营私舞弊，给用人单位造成重大损害的。
- 劳动者被依法追究刑事责任的。
四、综合工时制的特殊考虑
对于综合工时制，其特殊性主要在于工作时间的计算和安排。然而，在辞退赔付方面，综合工时制并不改变基本的赔付原则。即，无论实行何种工时制度，只要辞退行为合法或违法，都应按照上述标准进行经济补偿或赔偿。
五、注意事项
- 在计算经济补偿或赔偿金时，务必准确核算劳动者的月工资和工作年限。
- 如果劳动者对补偿金额有异议，可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决争议。
- 用人单位在辞退员工时，应确保程序合法、证据充分，以避免不必要的法律风险。
综上所述，综合工时制下的辞退赔付主要依据《劳动合同法》及相关法律规定进行。合法辞退时需支付经济补偿金，违法辞退时则需支付高额赔偿金。同时，对于特殊情况还需考虑额外的补偿和保护措施。希望这些解答能对您有所帮助。