行政协议中约定的仲裁条款，在符合法定条件时是有效的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据与原则
《中华人民共和国仲裁法》的相关规定：
- 根据《仲裁法》第十六条，仲裁协议应当具有下列内容：（一）请求仲裁的意思表示；（二）仲裁事项；（三）选定的仲裁委员会。只要行政协议中的仲裁条款符合这些基本要求，即具有请求仲裁的意思表示、明确了仲裁事项、选定了具体的仲裁委员会，那么该仲裁条款在形式上就是有效的。
- 同时，《仲裁法》第十七条、第十八条也规定了仲裁协议无效的情形，如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等。若行政协议中的仲裁条款不存在这些无效情形，则其有效性得到进一步确认。
意思自治原则：
- 仲裁制度的核心在于尊重当事人的意思自治。在行政协议中，只要双方当事人自愿、平等地协商并达成仲裁条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当认可其效力。
二、行政协议的特殊性
行政协议与民事合同的区别：
- 行政协议虽然具有合同的外在形式，但其本质上是行政机关与相对人之间就行政管理事项达成的协议，具有行政法上的权利义务内容。然而，这并不意味着行政协议中的仲裁条款必然无效。关键在于该仲裁条款是否涉及行政机关的行政职权，以及是否违反了法律的强制性规定。
行政协议中仲裁条款的有效性判断：
- 如果行政协议中的仲裁条款仅涉及协议双方的民事权益争议，如赔偿、违约责任等，且不涉及行政机关的行政职权行使，那么该仲裁条款在符合《仲裁法》规定的情况下是有效的。
- 如果仲裁条款涉及行政机关的行政职权，如行政处罚、行政许可等，那么该条款可能因违反法律的强制性规定而无效。因为行政职权的行使具有法定性和强制性，不能通过仲裁方式予以变更或撤销。
三、实践中的考量因素
仲裁条款的具体内容：
- 在判断行政协议中仲裁条款的有效性时，需要仔细审查条款的具体内容。包括是否明确了仲裁事项、选定的仲裁委员会是否具体明确、是否存在违反法律强制性规定的情形等。
当事人的真实意思表示：
- 仲裁条款的有效性还取决于双方当事人的真实意思表示。如果一方当事人在订立仲裁条款时存在欺诈、胁迫等情形，导致另一方当事人在违背真实意思的情况下订立了仲裁条款，那么该条款可能因缺乏真实意思表示而无效。
四、建议与风险提示
在订立行政协议时谨慎约定仲裁条款：
- 双方当事人在订立行政协议时，应当谨慎考虑是否约定仲裁条款。如果约定仲裁条款，应当确保条款内容符合《仲裁法》的规定，且不涉及行政机关的行政职权行使。
在争议发生时及时寻求法律帮助：
- 如果行政协议中的仲裁条款发生争议，双方当事人应当及时寻求法律帮助，通过法律途径解决争议。在此过程中，可以咨询专业律师的意见，以更好地维护自己的合法权益。
举例说明：假设某行政机关与一家企业签订了一份行政协议，约定双方在履行协议过程中发生的争议，包括赔偿、违约责任等民事权益争议，均提交某仲裁委员会进行仲裁。该仲裁条款明确约定了仲裁事项和选定的仲裁委员会，且不涉及行政机关的行政职权行使。在此情况下，该仲裁条款是有效的。如果双方在履行协议过程中发生争议，且无法通过协商解决，那么任何一方均有权依据该仲裁条款向约定的仲裁委员会申请仲裁。
综上所述，行政协议中约定的仲裁条款在符合法定条件时是有效的。但具体是否有效还需根据条款内容、当事人真实意思表示以及是否涉及行政机关行政职权等因素进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。