如果检察院决定不起诉，保证金通常是会退还的。以下从不同角度进行详细分析：
一、保证金退还的法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，犯罪嫌疑人、被告人在取保候审期间未违反规定的，取保候审结束的时候，凭解除取保候审的通知或者有关法律文书到银行领取退还的保证金。检察院决定不起诉，意味着案件在刑事诉讼程序中终止，犯罪嫌疑人不再面临刑事追究，因此，其之前缴纳的保证金应当予以退还。
二、保证金退还的具体流程
检察院作出不起诉决定：这是保证金退还的前提条件。检察院在审查案件后，认为犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，可以作出不起诉决定。
通知银行退还保证金：检察院在作出不起诉决定后，会通知银行退还犯罪嫌疑人之前缴纳的保证金。犯罪嫌疑人或其家属可以凭解除取保候审的通知或者有关法律文书到银行办理退还手续。
办理退还手续：犯罪嫌疑人或其家属在接到通知后，应携带相关证件和法律文书到银行办理保证金退还手续。银行在核实无误后，会将保证金退还至犯罪嫌疑人或其指定的账户。
三、可能影响保证金退还的因素
是否违反取保候审规定：如果犯罪嫌疑人在取保候审期间违反了相关规定，如未经批准离开居住地、干扰证人作证等，那么保证金可能不会被退还，或者会被部分扣除。
是否涉及其他法律责任：如果犯罪嫌疑人除了涉嫌刑事犯罪外，还涉及其他法律责任，如民事赔偿、行政处罚等，那么保证金可能会被用于抵扣这些责任。但这种情况并不常见，且需要法律程序的确认。
四、建议与注意事项
及时了解案件进展：犯罪嫌疑人或其家属应密切关注案件的进展情况，及时了解检察院是否作出不起诉决定。
保留相关法律文书：在办理保证金退还手续时，应保留好解除取保候审的通知、不起诉决定书等相关法律文书，以备不时之需。
咨询专业律师：如果在保证金退还过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
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