检察院作出不起诉决定后，公安机关一般会退还取保候审的保证金，但前提是被取保候审人在取保候审期间未违反相关规定。以下是对此问题的详细分析：

一、保证金退还的法律依据与程序

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释的规定，检察院作出不起诉决定意味着刑事诉讼程序终结，取保候审措施也应随之解除。此时，若被取保候审人在取保期间没有违反规定（如未经批准不得离开所居住的市、县，及时到案，不得干扰证人作证等），执行机关（公安机关）应及时向其宣布退还保证金的决定，并书面通知银行如数退还。

具体程序：

1. 解除取保候审：检察院作出不起诉决定后，公安机关会解除对被取保候审人的取保候审措施。
2. 制作退还决定书：公安机关会制作退还保证金决定书，并通知银行退还保证金。
3. 领取保证金：被取保候审人或其法定代理人可凭退还保证金决定书到银行领取退还的保证金。

二、可能影响保证金退还的情形

虽然检察院不起诉后保证金一般应退还，但存在以下情形时，保证金可能被部分或全部没收：

1. 违反取保候审规定：如被取保候审人在取保期间未经批准离开所居住的市、县，或者干扰证人作证、毁灭、伪造证据等，保证金可能被没收。
2. 未履行相关义务：如被取保候审人未按时到案接受讯问或审判等，也可能影响保证金的退还。

三、保证金退还过程中的注意事项

1. 保留相关证据：被取保候审人应妥善保管取保候审决定书、退还保证金决定书等相关证据，以备不时之需。
2. 及时与公安机关沟通：若在退还保证金过程中遇到问题（如公安机关无故拖延退还时间等），被取保候审人应及时与公安机关沟通，了解原因并寻求解决方案。
3. 依法维权：若相关部门拒绝退还保证金或存在其他违法行为，被取保候审人有权依法维权，如向上一级公安机关或检察院申诉等。

四、特殊情况下的处理

在某些特殊情况下（如案件涉及国家秘密、个人隐私等），保证金退还的程序可能略有不同。但无论如何，只要被取保候审人在取保期间未违反规定，且检察院作出了不起诉决定，保证金原则上应予以退还。

举例说明：

假设张某因涉嫌某罪被公安机关取保候审，并缴纳了一定数额的保证金。后检察院经审查认为张某的行为不构成犯罪，作出了不起诉决定。此时，公安机关应解除对张某的取保候审措施，并制作退还保证金决定书通知银行退还保证金。张某或其法定代理人可凭该决定书到银行领取退还的保证金。

建议：如果您或您身边的人遇到了检察院不起诉后保证金退还的问题，建议及时与公安机关沟通并了解相关程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。