关于“扣绩效按一个季度工资是否合法”的问题，不能一概而论，需结合具体情形判断。以下从法律框架、合法与违法情形、争议解决途径三个维度进行分析：
一、法律框架与基本原则
劳动合同约定：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位与劳动者在劳动合同中应明确工资构成及支付方式。若合同中有关于绩效工资的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则双方应依约履行。这意味着，如果劳动合同中明确规定了绩效工资的扣减方式，包括按季度扣减，且该规定合法，那么用人单位的行为可能是合法的。
单位规章制度：用人单位制定的涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项，需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表协商确定后公示或告知劳动者。若规章制度中规定了绩效工资的发放条件及扣减情形，且程序合法，则该制度可作为处理绩效工资的依据。因此，如果用人单位的规章制度中明确规定了按季度扣减绩效工资的情形，并且该制度经过了合法的制定和公示程序，那么这种扣减也可能是合法的。
不得克扣工资原则：除法定情形外，用人单位不得随意克扣劳动者工资。《劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这一原则要求用人单位在扣减绩效工资时，必须有合法的依据和合理的理由。
二、合法与违法扣发绩效工资的情形
合法扣发情形：
- 绩效考核不达标：若劳动者未达到约定的绩效考核标准，用人单位可依据考核结果进行绩效工资扣减。例如，销售岗位未完成季度销售目标时，按合同约定扣减相应比例的绩效工资。这种情况下，按季度扣减绩效工资是合法的。
- 严重违反规章制度：劳动者存在旷工、失职等严重违纪行为时，用人单位可通过内部制度扣减绩效工资。如员工连续旷工超过规定天数，公司依据奖惩条例扣除当月绩效奖金。如果这种违纪行为与季度考核相关，且规章制度中有明确规定，那么按季度扣减也是合法的。
- 给公司造成损失：因劳动者故意或重大过失导致经济损失时，用人单位可在合理范围内扣减工资。例如操作失误引发设备损坏，经评估后从绩效工资中扣除部分赔偿费用。如果这种损失与季度绩效相关，且扣减金额合理，那么也是合法的。
违法扣发情形：
- 无合法依据扣减：未经民主程序制定或未向劳动者公示的规章制度，不得作为扣减依据。如公司临时宣布“业绩排名末位者扣发奖金”，但此前既无制度规定也未征求员工意见。这种情况下，按季度扣减绩效工资是违法的。
- 拖欠或拒付工资：以经营困难为由长期不发放绩效工资属违法行为。例如某企业持续三个月未支付销售提成，且未与员工达成延期支付协议。这种情况下，无论是否按季度扣减，都是违法的。
- 双重处罚问题：已承担损害赔偿责任后仍被全额扣减工资可能构成违法。如员工违规操作造成5000元损失，公司已通过其他方式追偿，却仍扣光其当月全部绩效工资。如果这种扣减发生在季度末，且没有合理的依据，那么也是违法的。
三、争议解决途径
当发生绩效工资纠纷时，劳动者可采取以下措施：
- 与用人单位协商沟通：首先尝试与用人单位进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉举报：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为。
- 申请劳动仲裁主张权益：劳动者还可以向劳动仲裁机构申请仲裁，主张自己的合法权益。
- 对仲裁结果不服时向法院提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不服，劳动者还可以向法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的权益。
总结来说，扣绩效按一个季度工资是否合法，取决于劳动合同的约定、单位规章制度的合法性以及扣减的具体情形。如果用人单位的行为符合法律法规和合同约定，且扣减有合理的依据和理由，那么这种行为可能是合法的；反之，则是违法的。如果您对此有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。