结论：车辆挂靠物流公司时，挂靠时限设定为车辆报废之日是否合法，需结合具体合同条款、相关法律法规及双方约定来判断。在多数情况下，若合同内容合法且双方自愿，这样的约定是合法的；但若存在违反法律法规强制性规定或显失公平的情况，则可能不合法。
详细分析：
合同自由原则：
- 在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。这意味着，只要双方当事人意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，他们可以自由约定合同的内容，包括挂靠时限。
- 因此，如果车辆挂靠物流公司的合同中明确约定了挂靠时限为车辆报废之日，且这一约定是双方自愿达成的，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么这样的约定在法律上是有效的。
法律法规的强制性规定：
- 尽管合同自由原则允许双方自由约定合同内容，但这一自由并非无限制的。如果合同中的某些条款违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么这些条款将被视为无效。
- 在车辆挂靠的情境中，需要特别关注的是与车辆报废、挂靠经营相关的法律法规。例如，如果某部法律明确规定车辆挂靠时限不得超过一定年限，或者车辆报废后必须立即解除挂靠关系，那么合同中约定挂靠时限为车辆报废之日就可能违反这些强制性规定，从而被视为无效。
显失公平的情况：
- 除了违反法律法规的强制性规定外，如果合同中的约定显失公平，也可能影响其合法性。显失公平通常指的是一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的。
- 在车辆挂靠的情境中，如果物流公司利用车辆所有者的弱势地位，强行要求其接受不合理的挂靠时限（如远超过车辆实际使用寿命的挂靠时限），那么这样的约定可能因显失公平而被视为无效。
法律建议：
- 审查合同条款：在签订车辆挂靠合同时，务必仔细审查合同条款，特别是关于挂靠时限的约定。确保这一约定既符合双方的真实意愿，又不违反法律法规的强制性规定。
- 咨询专业律师：如果对合同条款或相关法律法规存在疑问，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助你更好地理解和维护自己的权益。
- 保留相关证据：在签订和履行合同过程中，务必保留好相关证据，如合同文本、沟通记录、付款凭证等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
可能后果：
- 如果合同中的挂靠时限约定合法且有效，那么双方应按照约定履行义务。如果一方违反约定，另一方有权要求其承担违约责任。
- 如果合同中的挂靠时限约定因违反法律法规的强制性规定或显失公平而被视为无效，那么双方应重新协商确定合理的挂靠时限。如果协商不成，可能需要通过法律途径解决纠纷。