关于招标代理费由施工单位承担是否合法的问题，结论如下：

1. 一般原则下，招标代理费应由招标人承担

   • 根据《招标代理服务收费管理暂行办法》第十条以及国家发展改革委的相关通知，工程招标代理费原则上应由招标人支付。这是法律法规对招标代理费支付主体的明确界定。招标人作为招标活动的发起者和主导者，支付招标代理费在逻辑上较为合理，且该费用可以计入工程前期费用中，作为工程成本的一部分进行核算。

2. 合同自由原则下，若存在合法约定，则可能由施工单位（中标人）承担

   • 虽然法律规定了招标人为支付主体，但《中华人民共和国民法典》中的合同自由和意思自治原则同样适用。这意味着，如果招标人、招标代理机构与投标人（或中标人）之间就招标代理费的承担达成了其他约定，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定具有法律效力，各方应按照约定执行。例如，在某些商业项目或特殊行业中，招标文件可能会明确规定招标代理费由中标人支付。

3. 实际操作中的建议

   • 明确约定：为了避免后续争议，招标人应在招标文件中明确招标代理费的承担方式。如果双方在招标文件或合同中没有明确约定，或者约定不明确导致争议，应及时通过法律途径解决，并咨询相关法律专业人士以获取具体的法律意见。
   • 依法履行：各方应严格遵守法律法规和合同约定，依法履行各自的义务。对于招标人和投标人而言，了解并遵循相关法律法规和行业惯例，通过协商明确招标代理费的承担方式，是确保招标活动顺利进行和维护双方合法权益的关键。
   • 合理定价：招标代理费的收费标准应遵循国家相关部门制定的收费标准或市场调节价，确保费用的合理性。这有助于维护招标活动的公平性和透明度。

举例说明：

• 假设在一个政府投资的大型基础设施建设项目中，招标文件明确规定了招标代理费由招标人承担。那么，在这种情况下，施工单位（中标人）无需承担招标代理费。
• 相反，如果在一个商业项目中，招标文件明确规定了招标代理费由中标人承担，并且该约定不违反法律法规的强制性规定。那么，在这种情况下，施工单位（中标人）就需要按照约定承担招标代理费。

可能产生的法律后果：

• 如果招标人、招标代理机构与投标人（或中标人）之间的约定违反了法律法规的强制性规定或公序良俗，那么该约定可能被认定为无效。此时，招标代理费的承担方式可能需要按照法律法规的一般原则来确定，即由招标人承担。
• 如果各方在招标文件或合同中没有明确约定招标代理费的承担方式，或者约定不明确导致争议，那么可能需要通过法律途径来解决争议。这可能会增加各方的诉讼成本和时间成本。

综上所述，招标代理费由施工单位承担是否合法，取决于招标文件、合同中的约定以及相关法律法规的规定。在实际操作中，各方应明确各自的权利和义务，并依法履行合同约定的内容。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。