在合作开发合同被认定无效后，对于未完工程投入的计算与返还，需结合合同约定、实际履行情况、双方过错程度及公平原则综合判定。以下是具体分析：
1. 合同无效的法律后果
根据《民法典》第157条，合同无效后，因该合同取得的财产应当返还；不能返还或没必要返还的，应折价补偿。有过错的一方应赔偿对方损失；双方均有过错的，按过错比例分担。
核心原则：
- 返还财产：若工程已投入资金但未完工，需区分“可返还”与“不可返还”部分。
- 折价补偿：对无法返还的投入（如已消耗的材料、人工成本），需通过评估确定价值后补偿。
- 过错分担：若双方对合同无效存在过错（如未取得开发资质、违反规划等），需按比例分担损失。
2. 未完工程投入的计算方法
（1）直接成本法
- 适用场景：工程投入以可量化成本为主（如材料、设备、人工）。
- 计算方式：
- 统计已实际支出的直接成本（发票、合同、付款凭证等）；
- 扣除已形成资产的部分（如已安装的设备、已浇筑的混凝土）；
- 对剩余未形成资产的部分（如未使用的材料、已支付但未履行的服务），按市场价或合同价折现。
示例：
若A公司投入100万元采购钢材，其中60万元已用于工程（形成资产），40万元未使用，则返还时可能按40万元原值或市场价（若钢材已涨价）计算。
（2）工程预算比例法
- 适用场景：工程未完工且无详细成本记录，但有预算或行业定额。
- 计算方式：
- 根据预算总造价与已完成工程量比例，计算应返还的投入；
- 需结合现场勘验、监理报告等确定实际完成比例。
示例：
若合同总预算500万元，约定A公司投入300万元，工程完成40%，则A公司可主张返还300万元×60%（未完成部分）=180万元（需扣除已形成资产的价值）。
（3）第三方评估法
- 适用场景：双方对投入价值争议较大，或工程涉及复杂技术问题。
- 计算方式：
- 委托造价咨询机构、会计师事务所等对未完工程进行评估；
- 评估范围包括直接成本、间接成本（如管理费、利息）、预期利润损失（若合同有效可获部分）。
注意：评估需以合同无效时的市场价值为准，而非合同签订时的预期价值。
3. 特殊情形处理
（1）一方过错导致合同无效
- 若一方故意隐瞒资质缺失、规划违法等关键信息，需全额赔偿对方投入；
- 若对方明知风险仍参与合作，可能减轻过错方责任。
（2）工程已部分使用或转让
- 若未完工程已被第三方使用或转让，需按转让价款或使用收益折抵返还金额；
- 若转让价低于投入成本，过错方需补足差额。
（3）投入资金来源
- 若投入包含贷款利息，需区分合理融资成本（如银行贷款）与高息借贷；
- 合理利息可纳入返还范围，高息部分可能不被支持。
4. 实务建议
- 固定证据：保存所有投入凭证（合同、发票、付款记录）、工程进度证明（监理报告、照片）、沟通记录等；
- 及时止损：合同无效后，双方应协商停止施工，避免扩大损失；
- 协商优先：通过调解、协商确定返还方案，降低诉讼成本；
- 诉讼准备：若协商无果，需在起诉时明确诉求（返还金额、利息、评估费等），并申请法院委托评估。
总结：未完工程投入的计算需结合成本证据、工程进度、过错比例综合判定，建议根据具体情况选择直接成本法、预算比例法或第三方评估法，并优先通过协商解决争议。如有进一步问题，可直接向我咨询。