结论：公司在员工认定工伤后只发放基本工资，这一做法是否合规，需根据具体情况判断。一般情况下，若员工因工伤暂停工作接受治疗，公司应支付停工留薪期工资，该工资通常应包含员工原工资福利待遇，而非仅基本工资。
分析说明：
停工留薪期工资的定义与支付：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 这里的“原工资福利待遇不变”意味着，公司应支付员工在工伤前所享受的全部工资和福利待遇，包括但不限于基本工资、奖金、津贴、补贴等。
仅发放基本工资的合规性分析：
- 如果公司仅发放基本工资，而忽略了其他工资组成部分（如奖金、津贴等），则这一做法可能不符合《工伤保险条例》的规定。
- 员工在停工留薪期内，虽然暂停了工作，但其因工伤而产生的医疗费用、生活费用等并未减少，因此，公司应确保员工在停工留薪期内的收入水平不低于其工伤前的收入水平。
特殊情况下的考虑：
- 如果员工与公司之间有特别的约定，或者公司的规章制度中有明确规定在停工留薪期内仅支付基本工资，且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能按照这一规定执行。但这种情况较为罕见，且需要严格的法律审查和员工同意。
- 另外，如果员工工伤后的实际工作能力有所下降，导致其无法从事原工作或无法获得原工资水平的收入，那么公司可能根据实际情况调整工资水平。但这种情况应基于合理的评估和协商，而非单方面决定。
行动建议：
- 对于员工：如果公司仅发放基本工资，而您认为这不符合法律法规的规定或公司的规章制度，您可以与公司进行沟通协商，要求公司按照法律法规的规定支付停工留薪期工资。如果协商无果，您可以向当地的劳动保障监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：公司应严格遵守《工伤保险条例》的规定，确保在员工停工留薪期内支付原工资福利待遇。如果公司确实需要调整工资水平，应基于合理的评估和协商，并确保调整后的工资水平不低于当地的最低工资标准。
法律后果：
- 如果公司违反《工伤保险条例》的规定，仅支付基本工资而忽略其他工资组成部分，员工有权要求公司补足差额，并可能因此产生劳动争议。在极端情况下，公司还可能面临劳动保障监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决。
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