结论前置：加班超过36小时，员工确实有权采取法律手段维护自身权益，但直接“起诉公司”并非首选或唯一途径，通常需先经过劳动行政部门处理或申请劳动仲裁。
详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条的规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 若公司违反此规定，安排员工加班超过36小时，则属于违法行为。
法律后果与维权途径：
- 劳动行政部门处理：员工首先可以向当地劳动行政部门（如劳动监察大队）投诉，劳动行政部门有权对公司进行调查，并根据调查结果对公司进行处罚，如责令改正、罚款等。
- 劳动仲裁：若员工希望获得经济补偿或解决其他劳动争议，可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工可以主张公司违法加班的事实，并要求公司支付加班费、经济补偿等。
- 起诉：虽然直接起诉公司不是首选途径，但在某些情况下，如劳动仲裁裁决后公司不履行裁决，员工可以向人民法院提起诉讼，要求公司履行裁决或寻求其他法律救济。不过，在大多数加班争议中，员工会先通过劳动仲裁解决争议，对仲裁结果不满时再考虑起诉。
实际操作建议：
- 收集证据：员工应保留好加班记录、工资条、与公司沟通加班的邮件或聊天记录等证据，以证明公司违法加班的事实。
- 咨询专业律师：在采取任何法律行动前，建议员工咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律后果，以便制定合适的维权策略。
- 理性维权：在维权过程中，员工应保持理性，避免与公司发生直接冲突，通过合法途径维护自身权益。
特殊情况说明：
- 如果公司加班行为极其恶劣，如长期强制加班、不支付加班费等，且员工已经尝试过与公司协商、向劳动行政部门投诉等途径但未得到有效解决，那么员工可以考虑直接向人民法院提起诉讼。但这种情况相对较少，且需要充分的证据支持。
总结与建议：
加班超过36小时，员工确实有权维护自身权益，但应优先选择通过劳动行政部门处理或申请劳动仲裁等途径解决争议。在维权过程中，员工应收集好证据，咨询专业律师，并保持理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。