结论：同甲公司有真实业务但由乙公司开发票，是否构成虚开发票罪，需根据具体情况判断。若乙公司开具的发票与实际业务不符，或存在其他虚开行为，则可能构成虚开发票罪；若发票内容与实际业务一致，且符合相关税收和发票管理规定，则不构成该罪。
分析：
虚开发票罪的构成要件：
- 虚开发票罪是指违反发票管理规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，以及虚开普通发票，情节严重的行为。
- 构成该罪需满足两个核心要件：一是存在虚开行为，即开具的发票与实际业务不符或没有实际业务而开具发票；二是情节严重，通常涉及金额较大或造成严重后果。
真实业务与发票开具主体的关系：
- 在真实业务中，发票的开具主体应与实际业务主体一致。若甲公司与乙公司之间存在真实业务，但由乙公司开具发票给甲公司（或甲公司的客户），且发票内容与实际业务相符，这本身并不直接构成虚开发票罪。
- 然而，若乙公司开具的发票与实际业务不符，如虚构交易、夸大交易金额或改变交易性质等，则可能构成虚开发票行为。
可能构成虚开发票罪的情形：
- 无真实业务虚开：若甲公司与乙公司之间并无真实业务，但乙公司为甲公司开具了发票，这明显构成虚开发票罪。
- 部分虚开：即使甲公司与乙公司之间存在部分真实业务，但乙公司开具的发票中包含了与实际业务不符的部分，如虚构交易或夸大金额，这也可能构成虚开发票罪。
- 其他违法行为：若乙公司在开具发票过程中还存在其他违法行为，如伪造、变造发票或使用伪造、变造的发票等，这也可能加重其法律责任。
不构成虚开发票罪的情形：
- 若乙公司开具的发票内容与实际业务完全一致，且符合相关税收和发票管理规定，如发票的开具时间、金额、税率等均与实际业务相符，且乙公司具备开具该发票的合法资质和权限，则不构成虚开发票罪。
建议：
- 核实发票内容：甲公司应仔细核实乙公司开具的发票内容是否与实际业务相符，包括交易金额、交易性质、交易时间等。
- 遵守税收和发票管理规定：甲公司和乙公司均应严格遵守相关税收和发票管理规定，确保发票的开具、使用和管理合法合规。
- 咨询专业律师：若甲公司或乙公司对发票开具行为是否构成虚开发票罪存在疑问，应及时咨询专业律师进行法律评估和风险防控。
法律后果：
- 若构成虚开发票罪，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑事处罚。
- 同时，虚开发票行为还可能引发税务行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
因此，甲公司和乙公司应高度重视发票开具行为的合法性，确保业务真实、发票合规，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。