虚开增值税发票但有真实交易的情况下，仍然可能构成犯罪。是否构成虚开增值税专用发票罪，关键在于两点：一是是否存在虚开行为；二是是否具有骗取国家税款的目的，以及是否给国家增值税税款造成了损失。以下是对这两点的详细分析：

一、是否存在虚开行为

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条的规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，且开具纸质发票应当加盖发票专用章。任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：

1. 为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
2. 让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
3. 介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。

即使有真实业务，只要开具的发票内容与真实交易情况存在不一致，就构成虚开。例如，如果交易双方实际发生的交易金额、商品种类或数量与发票上记载的不符，那么这种开具发票的行为就属于虚开。

二、是否具有骗取国家税款的目的，以及是否给国家增值税税款造成了损失

有真实业务并不能保证行为人没有骗税的目的，也不会必然避免给国家税款造成损失的后果。最常见的情况是“有货代开”，这一般发生在三方主体之间，包括受票方（购买方）、销售方、开票方。在这种情况下，即使存在真实交易，也可能因为开票方未如实申报纳税等原因，导致国家税款遭受损失。

• 如果开票方如实申报纳税：即使受票方凭借虚开的增值税专用发票进行了抵扣，但只要开票方如实申报并缴纳了税款，且受票方的抵扣行为没有造成国家税款的实际损失，那么按照目前虚开增值税专用发票罪的规定，就不应认定各方构成虚开增值税专用发票罪。
• 如果开票方未如实申报纳税：则税款会遭受损失。此时，如果造成损失的税款金额达到十万元以上，各方都可能构成虚开增值税专用发票罪。

法律后果与建议

• 法律后果：一旦构成虚开增值税专用发票罪，将面临严厉的法律制裁，包括补缴税费款、加收滞纳金、罚款，甚至可能被移送公安机关追究刑事责任。
• 建议：企业在经营过程中应严格遵守税法规定，确保发票的开具与实际交易情况相符。如果存在真实交易但需要开具发票的情况，应确保开票方如实申报纳税，避免因为虚开行为而给企业带来不必要的法律风险。

举例说明：

假设甲公司向乙公司购买了100万元的货物，并支付了价税合计113万元。乙公司为了节省成本，让丙公司为甲公司开具了226万元的增值税专用发票（其中包含了乙公司支付给丙公司的开票费）。如果丙公司未如实申报纳税，而甲公司又凭借这张虚开的发票进行了抵扣，那么甲公司和丙公司都可能因为虚开增值税专用发票罪而面临法律制裁。因为甲公司的抵扣行为导致了国家税款的损失（即多抵扣的税款部分），而丙公司则因为虚开发票且未如实申报纳税而构成了犯罪。

综上所述，虚开增值税发票但有真实交易的情况下，仍然可能构成犯罪。企业在经营过程中应严格遵守税法规定，确保发票的开具与实际交易情况相符，以避免不必要的法律风险。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。