行政机关已经履行法定职责，当事人仍然提起行政诉讼的，这通常不能作为不予立案的事由。以下从几个方面进行详细分析：

1. 行政诉讼的受理范围：

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，行政诉讼主要受理公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益而提起的诉讼。这包括行政机关不履行法定职责的情况，但并不意味着行政机关一旦履行了法定职责，当事人就不能再提起诉讼。关键在于当事人的合法权益是否因行政行为（包括不作为）而受到侵害，以及这种侵害是否可以通过诉讼得到救济。

2. 行政机关履行职责的合法性审查：

   • 即使行政机关已经履行了法定职责，当事人仍然有权对行政机关履行职责的合法性、合理性提出质疑，并通过行政诉讼进行审查。例如，行政机关虽然履行了职责，但履行的方式、程序或结果可能存在问题，侵犯了当事人的合法权益。在这种情况下，当事人提起行政诉讼是合理的，法院也应当受理。

3. 不予立案的法定情形：

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第五十一条的规定，人民法院在接到起诉状时对符合本法规定的起诉条件的，应当登记立案。对当场不能判定是否符合本法规定的起诉条件的，应当接收起诉状，出具注明收到日期的书面凭证，并在七日内决定是否立案。不符合起诉条件的，作出不予立案的裁定。这些不予立案的情形通常包括：原告不适格、被告不明确、诉讼请求不明确或不属于人民法院受案范围等。而行政机关已经履行法定职责，并不属于这些法定不予立案的情形。

4. 当事人的诉讼权利：

   • 当事人有权对行政机关的行政行为（包括不作为）提起诉讼，这是其基本的诉讼权利。即使行政机关已经履行了法定职责，当事人仍然可以基于其他理由（如履行方式不当、程序违法等）提起诉讼。法院应当保障当事人的诉讼权利，对符合起诉条件的案件进行受理和审理。

建议：

• 如果当事人认为行政机关虽然履行了法定职责，但履行过程中存在违法行为或侵犯了其合法权益，可以依法向人民法院提起行政诉讼。
• 在提起诉讼前，当事人可以收集相关证据，如行政机关的履行职责证明、自身合法权益受损的证据等，以支持其诉讼请求。
• 如果对行政诉讼的程序或要求不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保诉讼的顺利进行。

综上所述，行政机关已经履行法定职责，并不能作为不予立案的事由。当事人仍然有权对行政机关的履行行为提起诉讼，以维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。