关于农村村民非法占用耕地由哪个部门管理的问题，以下是我的详细解答：

结论前置：

农村村民非法占用耕地，主要由县级以上人民政府农业农村主管部门负责管理，但自然资源部门也负有监管查处职责。在具体操作中，可能会根据占用情况、严重程度及地方政策等因素，由两个部门协同处理或分别处理。

详细分析：

1. 农业农村部门的管理职责：

   • 根据《土地管理法》的相关规定，农业农村部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作，对违反农村宅基地管理法律、法规的行为进行监督检查。虽然宅基地通常指的是农村村民用于生活居住而建设使用的土地，但这里的“宅基地”应理解为农村村民占用本集体经济组织范围内土地建房的行为。因此，农村村民非法占用耕地建房，也属于农业农村部门的管理范畴。
   • 农业农村部发布的《农业综合行政执法事项指导目录(2020年版)》也明确指出，对农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行政处罚，由设区的市或县级农业农村主管部门负责。

2. 自然资源部门的监管职责：

   • 自然资源部门对土地规划、利用、保护进行管理和监督，有权查处非法占地等违法行为。新修订的《土地管理法》中，对违法占用耕地的违法行为的处罚主体增加了农业农村部门，但并未排除自然资源部门的监管职责。
   • 在实际操作中，自然资源部门可能会通过遥感卫星分析等技术手段，加强部门联动，配合农业农村部门共同打击非法占用耕地行为。

3. 协同处理与分别处理：

   • 对于农村村民非法占用耕地的行为，农业农村部门和自然资源部门可能会根据具体情况进行协同处理或分别处理。例如，在涉及宅基地管理方面的问题时，农业农村部门可能承担主要处理责任；而在涉及土地利用总体规划、农用地转用等方面的问题时，自然资源部门可能发挥更重要的作用。
   • 地方政策也可能对两个部门的职责划分产生一定影响。因此，在具体操作中，需要参照当地的相关政策和规定来确定具体的处理方式和责任部门。

综上所述，农村村民非法占用耕地的问题，主要由县级以上人民政府农业农村主管部门负责管理，但自然资源部门也负有监管查处职责。在处理此类问题时，两个部门可能会根据具体情况进行协同处理或分别处理。如果您遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。