农村耕地被他人侵占，一般应由当地的农业农村部门或自然资源部门负责管理。以下是从不同角度的详细分析：
一、部门职责划分
农业农村部门：
- 农业农村部门是农村土地管理的主要部门之一，负责农村土地承包经营权的管理、农村土地流转的监管等工作。
- 如果耕地被侵占涉及土地承包经营权纠纷或土地流转问题，农业农村部门有权进行调查处理，并协调解决纠纷。
自然资源部门：
- 自然资源部门负责土地资源的规划、管理、保护和合理利用等工作。
- 如果耕地被侵占涉及土地用途变更、非法占用土地等违法行为，自然资源部门有权进行查处，并恢复土地原状。
二、处理流程
收集证据：
- 在发现耕地被侵占后，首先应收集相关证据，如土地权属证明、侵占现场的照片或视频、证人证言等。
- 这些证据将有助于证明耕地的归属和侵占事实，为后续处理提供有力支持。
向相关部门投诉：
- 根据侵占的性质和情况，选择向农业农村部门或自然资源部门投诉。
- 投诉时应提交书面材料，详细说明侵占事实、证据和诉求。
部门调查处理：
- 相关部门在收到投诉后，将进行调查核实，并根据调查结果依法处理。
- 如果侵占行为属实，相关部门将责令侵占者停止侵占行为，恢复土地原状，并可能处以罚款等行政处罚。
法律途径：
- 如果相关部门未能及时处理或处理结果不满意，可以考虑通过法律途径解决。
- 可以向人民法院提起诉讼，要求侵占者停止侵占行为、恢复土地原状并赔偿损失。
三、注意事项
及时投诉：
- 一旦发现耕地被侵占，应及时向相关部门投诉，以免错过最佳处理时机。
保持冷静：
- 在处理过程中，应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击。
寻求专业帮助：
- 如果对处理流程或法律条款不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。
总结来说，农村耕地被他人侵占是一个涉及多个部门的问题，具体应由哪个部门管理取决于侵占的性质和情况。在处理过程中，应收集证据、及时投诉、保持冷静并寻求专业帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。