结论：公司以员工不能胜任工作为由辞退员工，是否需要赔偿取决于辞退行为是否合法。合法辞退无需额外赔偿，但需支付经济补偿金；违法辞退则需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
一、合法辞退情形及经济补偿
前提条件：
- 员工确实存在不能胜任工作的情况，公司需有充分证据证明，如明确的岗位职责、合理的考核标准及员工不符合标准的相关证据。
程序要求：
- 在辞退前，公司已对员工进行了培训或调整了工作岗位，且经过这些措施后，员工仍然不能胜任工作。公司需保留培训计划及记录、调岗通知等相关证据。
- 公司需提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，可以解除劳动合同。
经济补偿：
- 在这种情况下，公司需按照员工在本单位工作的年限支付经济补偿金。具体标准为：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。这里的月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 若员工月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
二、违法辞退情形及赔偿
程序不合法：
- 如果公司未按照法律规定的程序进行操作，如未对员工进行培训或调岗，或直接以不能胜任工作为由辞退员工，未提前通知也未额外支付工资，则构成违法辞退。
缺乏证据：
- 若公司无法提供有效证据证明员工不能胜任工作，或不能证明已履行了培训、调岗等前置程序，同样构成违法辞退。
赔偿责任：
- 在违法辞退的情况下，公司需要按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。即，每满一年支付两个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算，支付两个月工资；不满六个月的，支付一个月工资作为赔偿金。
三、特殊情况说明
- 试用期员工：若员工尚在试用期内，公司有明确、合理的录用条件，并已通过考核等方式证明员工不符合该条件，此时辞退无需支付赔偿金或经济补偿金。但公司仍需确保录用条件的合理性和考核的公正性。
四、总结与建议
- 合法性是关键：公司在辞退员工时，必须确保辞退行为合法，包括有充分的证据证明员工不能胜任工作，以及已履行了培训或调岗等前置程序。
- 程序要合规：公司应严格按照法律规定的程序进行操作，如提前通知、支付经济补偿金等，以避免不必要的法律风险。
- 保留证据：公司应妥善保留与辞退员工相关的所有证据，如培训记录、调岗通知、绩效考核结果等，以备不时之需。
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