结论：羊肉没有检疫证被罚5万元是否合理，需结合具体违法情节、当地处罚标准及《中华人民共和国动物防疫法》等相关规定综合判断。以下从法律框架、处罚合理性分析、例外情形三个角度展开说明：

一、法律框架：未检疫肉类销售的处罚依据

根据《中华人民共和国动物防疫法》第九十七条：
“违反本法规定，屠宰、经营、运输的动物未附有检疫证明，经营和运输的动物产品未附有检疫证明、检疫标志的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令改正，处同类检疫合格动物、动物产品货值金额一倍以下罚款；对货主以外的承运人处运输费用三倍以上五倍以下罚款，情节严重的，处五倍以上十倍以下罚款。”

关键点：

1. 处罚对象：包括屠宰者、经营者、运输者（如商家、物流方）；
   
2. 处罚标准：以“同类检疫合格动物/动物产品货值金额”为基数，最高可处货值1倍罚款；
   
3. 情节严重情形：若存在多次违法、造成疫情传播风险等，可能面临更高处罚。

二、处罚合理性分析：5万元是否“过罚相当”？

需结合以下因素判断：

1. 货值金额：
   
   • 若羊肉货值金额为5万元，则罚款5万元属于顶格处罚（货值1倍），需证明违法情节严重（如明知未检疫仍销售、拒不改正等）；
     
   • 若货值金额低于5万元（如1万元），则罚款5万元明显超出法定标准，可能涉嫌“过罚不当”。
     

计算公式：
$\( \text{罚款金额} \leq \text{货值金额} \times 1 \)$
（例：货值2万元，罚款最高2万元）

1. 违法情节：

   • 一般情节：首次违法、未造成危害后果的，可能从轻处罚（如罚款货值20%-50%）；
     
   • 严重情节：如羊肉检测出疫病、导致消费者健康受损、拒不配合调查等，可能顶格处罚。

2. 地方性规定：
   部分省份可能制定细化标准（如《XX省动物防疫条例》），若当地规定未检疫肉类处罚起点高于国家标准，需以地方规定为准。

三、例外情形：哪些情况可能减轻或免除处罚？

1. 初次违法且危害轻微：
   根据《行政处罚法》第三十三条，若商家首次违法、未造成实际危害，且及时改正（如补办检疫证明），可能不予处罚。

2. 不可抗力或意外事件：
   如因检疫机构延误导致未取得证明，且商家能提供证据（如申请检疫记录），可能免责。

3. 货值金额难以确定：
   若羊肉为自宰自食后剩余部分销售，且无销售记录，可能按市场均价估算货值，但需商家举证。

四、实务建议：如何应对此类处罚？

1. 核实处罚依据：
   要求执法部门出具书面处罚决定书，明确货值金额、违法情节及法律依据。

2. 申请听证或复议：
   若认为处罚过重，可在收到处罚决定书60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

3. 补办手续降低损失：
   若羊肉实际合格，可尽快补办检疫证明，证明无主观恶意，争取从轻处罚。

总结：5万元罚款是否合理，需以货值金额为基准，结合违法情节和地方规定综合判断。若您认为处罚不当，建议携带处罚决定书及相关证据（如进货凭证、检疫申请记录等）进一步咨询，我将协助您分析具体案情并制定应对方案。