故意打工厂玻璃的赔偿问题，需根据具体损失情况、行为人主观恶性及法律规定来确定赔偿方式和金额。具体分析如下：

1. 赔偿范围
   根据《中华人民共和国民法典》第一千一百八十四条，行为人需赔偿工厂因玻璃损坏产生的直接财产损失（如玻璃更换费用、安装费用）及间接损失（如因玻璃损坏导致的停工损失、生产延误损失等）。若工厂为特殊行业（如化工、精密制造），还需考虑因玻璃损坏可能引发的安全风险或环境损害赔偿。

2. 赔偿方式

   • 协商赔偿：双方可就赔偿金额、支付方式等达成书面协议，行为人按约定履行。
     
   • 诉讼赔偿：若协商未果，工厂可向法院提起民事诉讼，要求行为人赔偿损失。法院将根据证据（如维修发票、停工证明、监控录像等）认定赔偿金额。
     
   • 刑事附带民事赔偿：若行为人涉嫌故意毁坏财物罪（根据《中华人民共和国刑法》第二百七十五条，毁坏财物价值5000元以上或多次毁坏财物可能构成犯罪），工厂可在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，要求赔偿损失。

3. 特殊情形

   • 未成年人或限制行为能力人：若行为人为未成年人或限制民事行为能力人，其监护人需承担赔偿责任。
     
   • 多人共同实施：若多人共同故意损坏玻璃，需根据各自过错程度承担连带赔偿责任。
     
   • 保险理赔：若工厂为玻璃投保了财产保险，可先向保险公司索赔，保险公司赔偿后取得向行为人追偿的权利。

建议：工厂应尽快固定证据（如报警、拍照、保存维修记录等），并与行为人协商赔偿；若协商无果，及时通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。