结论：超过诉讼时效后，法院应驳回诉讼请求而非驳回起诉。以下从多个角度进行详细分析：

一、驳回起诉与驳回诉讼请求的核心区别

1. 驳回起诉：

   • 性质：程序性审查结果。
   • 适用情形：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条，驳回起诉适用于原告主体不适格、被告不明确、重复起诉等程序性问题。其核心在于案件未满足受理条件，属于立案阶段的审查。
   • 法律后果：案件未进入实体审理阶段，原告可针对驳回起诉的裁定提起上诉。

2. 驳回诉讼请求：

   • 性质：实体性判断。
   • 适用情形：当案件通过程序审查进入实体审理阶段，若原告主张的权利因超过诉讼时效而丧失胜诉权，法院需依据《中华人民共和国民法典》第一百九十二条进行实体裁判。
   • 法律后果：案件已进入实体审理，法院对原告的实体请求进行否定，原告不得就同一事实和理由再次起诉。

二、超诉讼时效的法律后果分析

1. 诉讼时效届满的本质：

   • 债务人取得时效抗辩权，但债权本体仍存续。例如，甲欠乙10万元逾期3年，乙起诉时甲可主张时效抗辩，但债务关系并未消灭。

2. 法院的裁判逻辑：

   • 若债务人提出时效抗辩：法院经审查确认超期，则判决驳回诉讼请求。此时，法院既未否定借贷关系，也未因程序问题驳回起诉，而是通过实体审查作出裁判。
   • 若债务人未提出抗辩：法院不得主动适用时效规定，仍需对债权债务进行实质审理。若原告主张有事实和法律依据，法院将支持其诉讼请求。

3. 特殊情况的处理：

   • 诉讼时效的中止、中断或延长等法定情形可以导致诉讼时效期间的重新计算或暂停计算。如果存在这些特殊情况，即使表面上看似诉讼时效已经过，但实际上可能仍在有效的诉讼时效期间内，法院不会以诉讼时效已过为由驳回原告的诉讼请求。

三、典型案例解析

案例：张三于2018年5月借给李四5万元，约定半年还款。2023年6月张三起诉要求还款，李四以超诉讼时效为由抗辩。

裁判结果：法院认定借款事实存在，但因超过3年诉讼时效且李四已行使抗辩权，最终判决驳回张三的诉讼请求。

分析：

• 在此案例中，张三的起诉符合《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条规定的起诉条件，法院予以受理。
• 进入实体审理阶段后，李四提出时效抗辩，法院经审查确认超期，依据《中华人民共和国民法典》第一百九十二条判决驳回诉讼请求。

四、实际应用建议

1. 对于原告：

   • 及时行使权利，避免超过诉讼时效。
   • 保留相关证据，如借款合同、转账记录等，以证明债权债务关系的存在。
   • 若被告提出时效抗辩，可尝试证明存在诉讼时效中止、中断或延长等法定情形。

2. 对于被告：

   • 若认为原告的主张已超过诉讼时效，应及时提出时效抗辩。
   • 保留相关证据，如催款记录、还款协议等，以证明原告未在诉讼时效期间内行使权利。

3. 对于双方：

   • 了解诉讼时效的相关规定，以便更好地维护自己的合法权益。
   • 在涉及诉讼时，充分准备证据和法律依据，以提高胜诉率。

综上所述，超过诉讼时效后，法院应驳回诉讼请求而非驳回起诉。这一规定既体现了法律对原告诉权的尊重和保护，也体现了法律对公平正义的追求和维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。